Her presenterer vi to protokoller for å studere Phagocyte -Mycobacterium abscessus vekselsvirkningene: screening av et transposon mutant bibliotek for bakteriell intracellulær mangel og fastsettelse av bakteriell intracellulær transcriptome fra RNA sekvensering. Begge metodene gir innsikt i genomisk fordeler og transcriptomic tilpasninger styrke intracellulære bakterier fitness.