Her præsenterer vi to protokoller for at studere phagocyt -Mycobacterium abscessus interaktioner: screening af en transposon mutant bibliotek for bakteriel intracellulære mangel og bestemmelse af bakteriel intracellulære transkriptom fra RNA sekventering. Begge tilgange giver indsigt i genomisk fordele og transkriptom tilpasninger forbedre intracellulære bakterier fitness.