Här presenterar vi två protokoll för att studera fagocytsystemet -Mycobacterium abscessus interaktioner: screening av transposon mutant bibliotek för bakteriell intracellulär brist och bestämning av bakteriell intracellulära transkriptom från RNA sekvensering. Båda tillvägagångssätten ger insikt om genomisk fördelar och transcriptomic anpassningar öka intracellulära bakterier fitness.