Her presenterer vi en protokoll som innebærer genetisk kombinert spectrally forskjellige photoactivatable og fluorescerende proteiner. Disse fluorescerende protein chimeras tillater kvantifisering av PA-FP brøken som photoactivated skal fluorescerende, dvs photoactivation effektivitet. Protokollen avslører at forskjellige moduser av photoactivation gir forskjellige photoactivation effektivitet.