En detaljert protokoll er beskrevet for separasjon, identifikasjon og karakterisering av proteoforms i protein prøver ved kapillær sone geleelektroforese-electrospray ionization-tandem massespektrometri (CZE-ESI-MS/MS). Protokollen kan brukes for høy oppløsning karakterisering av proteoforms i enkle protein prøver og store identifikasjonen av proteoforms i komplekse proteom prøver.