Ett detaljerat protokoll beskrivs för separation, identifiering och karakterisering av proteoforms i protein prover med kapillära zonen elektrofores-elektrospray jonisering-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS). Protokollet kan användas för högupplösta karakterisering av proteoforms i enkla protein prover och storskalig kartläggning av proteoforms i komplexa proteomet prover.