Korrigering av kromatiska förändringar i tredimensionella (3D) flerfärgsfluorescensmikroskopibilder är avgörande för kvantitativa dataanalyser. Detta protokoll är utvecklat för att mäta och korrigera kromatiska förändringar i biologiska prover genom förvärv av lämpliga referensbilder och bearbetning med öppen källkod, Chromagnon.