L'ecocardiografia transtoracica (TTE) e transesofagea (TEE) rappresentano gli strumenti di imaging di base per l'esame del setto interatriale. Il TEE tridimensionale (3D) fornisce informazioni incrementali nella valutazione del setto interatriale. Ulteriori tecniche avanzate di ecocardiografia che utilizzano l'ecocardiografia a tracciamento delle macchie vengono applicate per la valutazione volumetrica e funzionale sensibile delle camere cardiache.