Los sistemas celulares tridimensionales (3D) son modelos relevantes para investigar la organogénesis. Se propone un método basado en hidrogeles para la producción de quistes biliares y su caracterización. Este protocolo desentraña las barreras de la caracterización 3D, con un método sencillo y confiable para evaluar la eficiencia de la formación de quistes, los tamaños y para probar su funcionalidad.