वीवो माइक्रोएंडोस्कोपिक कैल्शियम इमेजिंग में एक अमूल्य उपकरण है जो स्वतंत्र रूप से व्यवहार करने वाले जानवरों में न्यूरोनल गतिविधियों की वास्तविक समय की निगरानी में सक्षम बनाता है। हालांकि इस तकनीक को एमिग्डाला में लगाना मुश्किल रहा है। इस प्रोटोकॉल का उद्देश्य चूहों में एक लघुकृत माइक्रोस्कोप के साथ एमिग्डाला कोशिकाओं को सफलतापूर्वक लक्षित करने के लिए एक उपयोगी दिशानिर्देश प्रदान करना है।