Atomic Force Microscopy-Infrared Spectroscopy (AFM-IR) giver en kraftfuld platform til bakteriestudier, der gør det muligt at opnå nanoskalaopløsning. Både kortlægning af subcellulære ændringer (f.eks. ved celledeling) samt sammenlignende undersøgelser af kemisk sammensætning (f.eks. som følge af lægemiddelresistens) kan udføres på et enkelt celleniveau i bakterier.