Атомно-силовая микроскопия-инфракрасная спектроскопия (AFM-IR) обеспечивает мощную платформу для бактериальных исследований, позволяющую достичь наноразмерного разрешения. Как картирование субклеточных изменений (например, при делении клеток), так и сравнительные исследования химического состава (например, возникающие из лекарственной устойчивости) могут проводиться на уровне одной клетки у бактерий.