Atomic Force Microscopy-Infrared Spectroscopy (AFM-IR) gir en kraftig plattform for bakteriestudier, noe som gjør det mulig å oppnå nanoskala oppløsning. Begge deler, kartlegging av subcellulære endringer (f.eks. ved celledeling) samt komparative studier av kjemisk sammensetning (f.eks. som følge av legemiddelresistens) kan utføres på et enkelt cellenivå i bakterier.