Her præsenterer vi en protokol til at profilere samspillet mellem vært og patogen under infektion med massespektrometri-baserede proteomics. Denne protokol bruger etiketfri kvantificering til at måle ændringer i proteintæthed for både vært (f.eks. makrofager) og patogen (f.eks. Cryptococcus neoformans)i et enkelt eksperiment.