Her presenterer vi en protokoll for å profilere samspillet mellom vert og patogen under infeksjon av massespektrometribaserte proteomics. Denne protokollen bruker etikettfri kvantifisering for å måle endringer i proteinoverflod av både vert (f.eks. makrofager) og patogen (f.eks. Cryptococcus neoformans) i et enkelt eksperiment.