Denne protokol skitserer en rutinemæssig metode til brug af seriel blok-ansigt scanning elektronmikroskopi (SBF-SEM), en kraftfuld 3D-billedbehandling teknik. Vellykket anvendelse af SBF-SEM afhænger af korrekt fiksering og væv farvning teknikker, samt omhyggelig overvejelse af billedbehandling indstillinger. Denne protokol indeholder praktiske overvejelser for hele denne proces.