Detta protokoll beskriver en rutinmetod för att använda seriell block-face scanning elektronmikroskopi (SBF-SEM), en kraftfull 3D-bildteknik. Framgångsrik tillämpning av SBF-SEM beror på korrekt fixering och vävnad färgning tekniker, samt noggrant övervägande av bildinställningar. Detta protokoll innehåller praktiska överväganden för hela denna process.