Her præsenterer vi en optimeret in-filter fordøjelsesprotokol med detaljerede oplysninger om følgende: protein fordøjelse, peptidrensning og data uafhængig erhvervelse analyse. Denne strategi anvendes til analyse af udtrykte prostatiske sekreter-urinprøver og giver mulighed for høj proteom dækning og lav manglende værdi etiket-fri profilering af urin proteome.