Här presenterar vi ett optimerat matsmältningsprotokoll på filter med detaljerad information om följande: proteinsammanfattning, peptidrening och dataoberoende förvärvsanalys. Denna strategi tillämpas på analys av uttryckt prostata sekret-urin prover och tillåter hög proteome täckning och lågt saknade värde etikett-fri profilering av urinary proteome.