ここでは、タンパク質消化、ペプチド精製、データ独立獲得分析に関する詳細情報を含む最適化されたオンフィルター消化プロトコルを提示します。この戦略は、発現した前立腺分泌尿サンプルの分析に適用され、高いプロテオームカバレッジと尿プロテオームの低欠損値ラベルフリープロファイリングを可能にします。