يقدم هذا البروتوكول خطوات لتحليل الطحالب الفوقية، التي تستهدف جينات 16S rRNA و 18S rRNA، لرصد تكاثر الطحالب الضارة والميكروبيوم المرتبط بها في عينات مياه البحر. وهي أداة قوية قائمة على الجزيئية ولكنها تتطلب العديد من الإجراءات ، والتي يتم شرحها بصريا هنا خطوة بخطوة.