Denne protokol introducerer trin til metabarcoding analyse, rettet mod 16S rRNA og 18S rRNA gener, til overvågning af skadelige algeopblomstringer og deres tilhørende mikrobiom i havvand prøver. Det er et kraftfuldt molekylært baseret værktøj, men kræver flere procedurer, som visuelt forklares her trin for trin.