Denne protokollen introduserer trinn for metabarkodingsanalyse, rettet mot 16S rRNA- og 18S rRNA-gener, for overvåking av skadelige algeoppblomstringer og deres tilhørende mikrobiom i sjøvannsprøver. Det er et kraftig molekylært basert verktøy, men krever flere prosedyrer, som forklares visuelt her trinn for trinn.