Journal
/
Biochemistry
/
Shotgun Proteomics Sample Processing geautomatiseerd door een open-source labrobot
JoVE Journal
Biochemistry
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biochemistry
Shotgun Proteomics Sample Processing Automated by an Open-Source Lab Robot
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Shotgun Proteomics Sample Processing geautomatiseerd door een open-source labrobot

DOI:
10.3791/63092-v

•

10:12 min

•

October 28, 2021

•

, , , ,
1Department of Medicine-Cardiology,University of Colorado Anschutz Medical Campus, 2Department of Biochemistry & Molecular Genetics,University of Colorado Anschutz Medical Campus, 3Consortium for Fibrosis Research & Translation, School of Medicine,University of Colorado Anschutz Medical Campus

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:40Mass Spectrometry (MS) Sample Preparation with a Single Protein
  • 04:44Peptide Clean-up Using SP3 Paramagnetic Beads
  • 06:19MS Sample Preparation with Protein Lysate
  • 08:37Results: Mass Spectrometry Proteomics with a Single Protein Standard Bovine Serum Albumin and a Detergent-Containing Human Heart Lysate Sample
  • 09:44Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Gedetailleerd protocol en drie Python-scripts zijn voorzien voor het bedienen van een open-source robotisch vloeistofverwerkingssysteem om semi-geautomatiseerde eiwitmonstervoorbereiding uit te voeren voor massaspectrometrie-experimenten, met betrekking tot wasmiddelverwijdering, eiwitvertering en peptide-ontzoutingsstappen.

Tags

Shotgun ProteomicsAutomated Sample ProcessingOpen-source Lab RobotLiquid Handling SystemMass SpectrometryProtein BiochemistryProteomic StudiesAmmonium BicarbonateDTTTemperature ControlAutomationOpen-source Python Scripts

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Geautomatiseerde Acoustic Afgifte voor de seriële verdunning van Peptide agonisten in potentie Bepaling Testen

LERLIC-MS / MS Gedetailleerde karakterisering en kwantificering van glutamine en asparagine Deamidatie in Shotgun Proteomics

Kalibratie-gratis In Vitro kwantificering van eiwit Homo-oligomerisatie met behulp van commerciële instrumentatie en Software van de analyse van de helderheid van gratis, Open Source

Voorbereiding van Chloroplast sub compartimenten van Arabidopsis voor de analyse van eiwit lokalisatie door Immunoblotting of Proteomics

Detectie van eiwitubiquitinatiesites door peptideverrijking en massaspectrometrie

Met behulp van de open-source MALDI TOF-MS IDBac pijpleiding voor analyse van microbiële eiwitten en gespecialiseerde metaboliet gegevens

Een alles-in-een monsterhouder voor macromoleculaire X-Ray kristallografie met minimale achtergrond verstrooiing

Een plasmamonstervoorbereiding voor massaspectrometrie met behulp van een geautomatiseerd werkstation

TMT Sample Voorbereiding voor Proteomics Facility Indiening en latere data-analyse

Nauwkeurige en nauwkeurige FRET-metingen met één molecuul uitvoeren met behulp van de Open-Source smfBox

Read Article