यह प्रोटोकॉल आईडीआईएससीओ + का उपयोग करके बरकरार माउस दिमाग के चुंबकीय अनुनाद इमेजिंग, समाशोधन और इम्यूनोलेबलिंग के संचालन के तरीकों का वर्णन करता है, इसके बाद लाइट-शीट माइक्रोस्कोपी का उपयोग करके इमेजिंग का विस्तृत विवरण और न्यूमोर्फ का उपयोग करके डाउनस्ट्रीम विश्लेषण करता है।