נפח גדול (20L +) סינון של דגימות מי ים החוף

Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.

If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.

 

Summary

זה מסמכים וידאו בנפח גדול (L ≥ 20) סינון של ביומסה של חיידקים, הנעים בין 0.22μm 2.7μm ו בקוטר של עמודת המים.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

Walsh, D. A., Zaikova, E., Hallam, S. J. Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples. J. Vis. Exp. (28), e1161, doi:10.3791/1161 (2009).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

עבודה מתחיל עם איסוף המים ימית החוף למען הקהילה חיידקים במורד הזרם, מנתח גז מזין עקבות. בשיטה זו, דגימות שנאספו סיפון ההפעלה ג'ון סטריקלנד HMS ב Inlet Saanich. זה מסמכים וידאו בנפח גדול (L ≥ 20) סינון של ביומסה של חיידקים, הנעים בין 0.22μm 2.7μm ו בקוטר של עמודת המים. שתי דוגמאות 20L ניתן לסנן בו זמנית באמצעות יחידת משאבה אחת מצויד עם ארבעה ראשים מסתובבים. הסינון מתבצע בתחום לטיולים המורחבת, או מיד עם שובו של טיולי יום. חשוב לרשום את כמות המים העוברים דרך יחידה sterivex הסינון. כדי למנוע היווצרות biofilm בין טיולים הדגימה, כל הציוד סינון חייב להיות שטוף עם HCl לדלל במים deionized ו autoclaved מיד לאחר השימוש. הליך זה ייקח בערך 5 שעות פלוס שעה נוספת עד נקיים.

Protocol

  1. הגדרת מנגנון סינון
    1. כדי להגדיר את מנגנון סינון, להשתמש בפינצטה למקום כיתה GF / D לסנן לתוך יחידת דיור prefilter. Loosely להדק הדיור ביד. ככלל אצבע, לא להדק יתר או יחידת ידלפו פעם מתחיל שאיבה.
    2. החזר את מכסה בקבוק עם כובע autoclaved צינורות מחוברים בקפידה על ידי הכנסת צינור פנימי לתוך בקבוק, בלי לגעת בו. במידת הצורך, להשתמש בפינצטה כדי להנחות את צינורות לתוך בקבוק.
    3. עוברים את צינורות חיצוניים באמצעות המשאבה peristaltic.
    4. צרף יחידות דיור prefilter לסוף שני צינורות חיצוניים (כלומר 2 יחידות לכל בקבוק). להדק את הקשר עם צבת.
  2. סינון של מי ים
    1. כדי להתחיל לסנן את מי ים, להפעיל את המשאבה ולקבוע את מהירות הזרימה 1. צפה על מנת להבטיח כי המים נשאב בכיוון הנכון.
    2. אפשר 500 מ"ל של מים לזרום בחופשיות דרך היחידה prefilter אל Beaker 1 L.
    3. כבה את המשאבה, ולצרף מסנן Sterivex ל מתאים luer זכר בסוף ללא התקנה prefilter. הדק את הדיור prefilter בנוחות ביד.
    4. שימו לב על הדיור prefilter ועל הקשר בין הדיור prefilter ואת צינורות שמובילה בקבוק. אם ההדלפות מתרחשות, להפעיל את המשאבה לסירוגין לשחרר ואת retighten הדיור prefilter בהתאם. הפעל את המשאבה בחזרה.
    5. אסוף את תסנין ב 4 צלוחיות L. ברגע שהם מלא, רוקן את צלוחיות לתוך בקבוק נקי. הקפידו לציין את נפח עברו כל מסנן. שנאסף תסנין יכול להיות מעובד יותר, כגון סינון וירוסים.
    6. המשך עד אין סינון מים נשאר carboys. סינון הזמנים הרגיל נע בין 4-5 שעות / 20 בקבוק L, אך זה תלוי באופן משמעותי על הסכום של ביומסה בתוך המים.
    7. לאחר סינון תושלם, לעבור את המשאבה ונתק את המסננים Sterivex.
  3. אחסון של מסננים
    1. כדי לאחסן את המסננים, תחילה לגרש כל המים שנותרו עם מזרק 3-60 מ"ל.
    2. בעזרת פיפטה, מוסיפים למאגר תמוגה 1.8ml לסינון, שמירה ~ 200 ul שטח במסנן עבור תוספת מאוחרת של חומרים כימיים.
    3. חותם התחתונה העליון של המסנן Sterivex עם חתיכה קטנה של Parafilm, ואת התווית מסננים עם התאריך וזיהוי המדגם.
    4. חנות מסננים צינור מראש שכותרתו בז 50 מ"ל ב -80 ° C
    5. הסר את המסננים מיחידת דיור למקם אותם לתוך צינורות שכותרתו 50 מ"ל פלקון המכיל 2 מ"ל של חיץ תמוגה. חנות אלה ב -80 ° C.
  4. ניקוי
    1. עבור ניקוי סופי, במקום בצינור שהיה בתוך בקבוק לתוך בקבוק המכיל 0.1 M HCl
    2. כוונו את צינורות שיובילו הבקבוק לתוך בקבוק 4L המקורי.
    3. הפעל את המשאבה ולהפעיל ב 3, איסוף לזרום דרך לרוץ בקבוק המקורי.
    4. לבסוף, יש לשטוף בצינור מים autoclaved.

תוצאות נציג: התוצאה הסופית כוללת שני מסננים Sterivix שכל אחת מהן מכילה חיידקים ביומסה מכ 10 ים L בטווח גודל של 0.22μm ו 2.7μm. זה מאוחסן חיץ תמוגה ומוכן להפקת DNA. בנוסף, הליך זה אוסף מתרכז ביומסה יותר מאשר 2.7 מיקרומטר, על prefilters GF / D. זה מאוחסן גם במאגר תמוגה ומוכן להפקת DNA. אם צעדים עיבוד נוסף נלקחים, 0.22 מיקרומטר זרימה דרך יכול להיות מרוכזים למטה כדי לאסוף את חלק ויראלי גם.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

זה הכרחי כדי לנגב את ספסלי משאבות במגבת לחה לאחר השימוש כדי להסיר כל עקבות המתמשכת של מי מלח שאחרת לשיתוק ציוד. למרות ההליך הוא פשוט, הדרישה זמן יכול להיות נרחב תלוי בריכוז של ביומסה או פסולת במדגם להיות מסונן.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Acknowledgments

ברצוננו להודות לקרן קנדית עבור חדשנות, פיתוח קולומביה הבריטית קרן ידע מדעי הלאומי וההנדסה מועצת המחקר (NSERC) של קנדה לתמיכה מחקרים מתמשכים על אזורים חמצן נמוכה של מים חופי האוקיינוס ​​הפתוח. דאו נתמכה על ידי מלגות של NSERC, Killam ויסוד טולה מרכז מימנה עבור גיוון התפתחות חיידקים.

Materials

Name Type Company Catalog Number Comments
Peristaltic pump Masterflex (Cole Palmer) 77913-20, 77200-62, 77200-04
Tygon LFL tubing Masterflex (Cole Palmer) 06429-24 For filtration apparatus
Hose clamps Cole-Parmer 0683204 For filtration apparatus
1/4” x 3/16” pipe adaptors Cole-Parmer 31702-20 For filtration apparatus
Polypropylene prefilter housing ADVANTEC 501200 For filtration apparatus
Metal luer fitting (Hose end to Male luer lock) Cole-Parmer 31507-27 For filtration apparatus
2“ Magnets For filtration apparatus
3 port carboy caps For filtration apparatus
GV 0.22 μm STERIVIX filters EMD Millipore SVGV01R5
47 mm diameter 2.7 μm GF/D filters Whatman, GE Healthcare 1823047
Lysis buffer Reagent 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)
0.1 % HCl Reagent For post-filtration rinse
Autoclaved water Reagent For post-filtration rinse

DOWNLOAD MATERIALS LIST

Comments

4 Comments

  1. Cool way to show off filtration protocols! Do your pre-filters ever clog?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    June 19, 2009 - 12:56 AM
  2. Hi Ian, We never have problems with pre-filter clogs but if microbial biomass is high, we do need to switch up the filters often.

    Reply
    Posted by: Anonymous
    June 19, 2009 - 2:39 PM
  3. How much dŒs the filtration apparatus cost?

    Reply
    Posted by: Anonymous
    July 1, 2009 - 4:46 AM
  4. For you is for free

    Reply
    Posted by: Anonymous
    December 18, 2011 - 4:45 PM

Post a Question / Comment / Request

You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

Usage Statistics