الطيفية Karyotyping إلى دراسة حالة شذوذ الكروموسومات في البشر والفئران مع مرض الكلى المتعدد الكيسات

Medicine

Your institution must subscribe to JoVE's Medicine section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

 

Summary

Karyotyping الطيفية (السماء) هو تقنية علم الوراثة الخلوية المتقدمة لتحديد الانحرافات الجينية والكروموسومات. هذه التقنية يستفيد من تحقيقات اللوحة كروموسوم، والتي تسمح بتصنيف جميع الكروموسومات. ويمكن أيضا تحديد الانحرافات SKY كروموسوم معقدة وعيوب فصل في الفئران والبشر يعانون من أمراض مختلفة، بما في ذلك مرض الكلى المتعدد الكيسات.

Cite this Article

Copy Citation | Download Citations

AbouAlaiwi, W. A., Rodriguez, I., Nauli, S. M. Spectral Karyotyping to Study Chromosome Abnormalities in Humans and Mice with Polycystic Kidney Disease. J. Vis. Exp. (60), e3887, doi:10.3791/3887 (2012).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

الطريقة التقليدية لتحديد وتصنيف الكروموسومات الفردية يعتمد على نمط فريد من ربط كل كروموسوم في فصيلة محددة يجري تحليلها 1 و 2. هذا الأسلوب الكلاسيكي النطاقات، ولكن، لا يمكن الاعتماد عليها في تحديد التشوهات الكروموسومية معقدة مثل تلك التي ترتبط مع مرض السرطان. للتغلب على القيود المفروضة على تقنية النطاقات، هو عرض Karyotyping الطيفي (السماء) لتوفير معلومات موثوق بها كثيرا عن شذوذ صبغي.

SKY هو مضان متعدد الألوان في الموقع التهجين (FISH) تقنية للكشف عن الصبغيات (الكروموسومات) الطورية مع مجهر طيفي 3 و 4. وقد ثبت السماء ليكون أداة قيمة لتحليل خلوي من مجموعة واسعة من الشذوذ الصبغي المرتبط مع عدد كبير من الأمراض الوراثية والأورام الخبيثة 5 و 6. SKY ينطوي على استخدام مجسات DNA fluorescently متعدد الألوان ذات العلامات أعد من oligonucle المنحطةotide الاشعال بواسطة PCR. وبالتالي، كل كروموسوم لها لون فريد من نوعه بعد الطيفية في الموقع التهجين مع تحقيقات، التي وصفت بشكل مختلف مع خليط من الأصباغ الفلورية (رودامين، تكساس الأحمر، Cy5، FITC وCy5.5). تحقيقات المستخدمة في السماء تتكون من ما يصل الى 55 كروموسوم تحقيقات محددة 7-10.

إجراءات SKY ينطوي على عدة خطوات (الشكل 1). SKY يتطلب توافر الخلايا مع ارتفاع مؤشر الإنقسامية من الأنسجة الطبيعية أو مريضة أو الدم. وتنتشر في الصبغيات (الكروموسومات) من خلية واحدة من الخلايا الأولية إما طازجة أو عزل خط الخلية على شريحة زجاجية. يسمى هذا انتشار كروموسوم مع مجموعة مختلفة من الأصباغ الفلورية معينة لكل كروموسوم. الكشف عن التحقيق والحصول على الصور، ونظام التصوير الطيفي يتكون من تداخل سانياك وكاميرا CCD. وهذا يسمح قياس طيف الضوء المرئي المنبعث من العينة والحصول على صورة طيفية جيئة وذهاباالكروموسومات متر فردي. HiSKY، والبرمجيات المستخدمة لتحليل نتائج الصور التي تم التقاطها، ويوفر سهولة تحديد الشذوذ الصبغي. والنتيجة النهائية هي الطورية وصورة تصنيف النمط النووي، والذي كل زوج من الصبغيات (الكروموسومات) لها لون مميز (الشكل 2). وهذا يسمح سهولة تحديد هويات كروموسوم وtranslocations. لمزيد من المعلومات، يرجى زيارة موقع التصوير الطيفي التطبيقية ( http://www.spectral-imaging.com/ ).

وقد استخدم مؤخرا SKY لتحديد العيوب والتشوهات فصل كروموسوم كروموسوم في البشر والفئران مع مرض وراثي جسمي الكلى المتعدد الكيسات (ADPKD)، وهو مرض وراثي يتميز اختلال وظيفي في أهداب الأولية 11-13. باستخدام هذه التقنية، أثبتنا وجود فصل كروموسوم غير طبيعي وتشوهات صبغية في المرضى الذين يعانون ADPKD ونماذج الماوس 14. المزيد من التحليلات باستخدام SKY ليس فقط سمح لنا لتحديد عدد الكروموسومات والهوية، ولكن أيضا للكشف عن التشوهات الكروموسومية بدقة شديدة التعقيد مثل الحذف كروموسوم وtranslocations (الشكل 2).

Protocol

1. خلية المعالجة وإعداد الطورية

  1. وتزرع هذه الخلايا في تعديل Dulbecco للمتوسط ​​النسر (DMEM) التي تحتوي على 10-15٪ الجنين مصل بقري (FBS) و 1٪ البنسلين / الستربتومايسين على 37 درجة مئوية مع 5٪ CO 2 الحاضنة، حتى تصل إلى 70-80٪ confluency.
  2. علاج الخلايا مع حل colcemid على 0.05 ميكروغرام / مل لمدة 30-60 دقيقة.
  3. جمع المتوسطة التي تحتوي على أي خلايا العائمة في 50 مل من أنابيب معقمة للطرد المركزي من طراز فالكون. شطف الخلايا على لوحة مع sterile1X-PBS. بعد تفرخ مع التربسين معقم لمدة 1-2 دقيقة، والحصاد وجمع الخلايا المتبقية في الأنبوب نفسه.
  4. تدور الأنابيب في 1000 دورة في الدقيقة لمدة 5 دقائق، نضح طاف مغادرة 0.5 مل وتخفيف بيليه بواسطة عبها مع الإصبع فقط.
  5. اعتمادا على حجم بيليه، إضافة مل 5-10 من حل ناقص التوتر من بوكل 0.56٪ في DH 2 O، واحتضان للتعليق على 37 درجة مئوية عن 30-45 دقيقة.
  6. إضافة قطرة واحدة من مادة الميثانول / حامض الخليك(3:1 المجلد / المجلد) لكل مل من تعليق خلية ناقص التوتر وعكس الأنبوب برفق لخلط.
  7. الطرد المركزي في 1200 دورة في الدقيقة لمدة 5 دقائق، وجمع بيليه كخطوة 1.4، ثم يضاف 5 مل من الميثانول الطازجة / حامض الخليك (3:1 المجلد / المجلد) مثبت نقطه نقطه في حين حل لعبها بيليه باستمرار. هذا الإجراء ضروري حتى لا ينتشر الطورية أن المحاصرين في كتل من الخلايا التي من شأنها أن تعرض للخطر التجربة.
  8. منبذة مرة أخرى في 1200 دورة في الدقيقة لمدة 5 دقائق ويضاف 5-10 مل من الجليد الباردة الميثانول / حامض الخليك مثبت على طول الجدار من الأنبوب. في هذه المرحلة، إذا لزم الأمر، يمكن تخزين هذه الخلايا في حل مثبت في أنبوب شددت ومختومة عند درجة حرارة -20 درجة مئوية لمدة قصيرة أو -80 درجة مئوية لمدة طويلة (سنوات) لاستخدامها في المستقبل.
  9. الشرائح نظيفة في الايثانول المطلقة، ثم تراجع الشريحة في DH 2 O للapproximately10X من أجل تشكيل غمد من المياه على سطح الشريحة. وضع شريحة على طبق من الزجاج وانخفاض 15-20μl من تعليق خلية (من الخطوة 1.8) في الفترة من 10 "فوق الشرائح. ضع الشريحة في حمام مائي وضعت في 65-70 درجة مئوية لمدة 1-2 دقيقة والسماح ليجف.
  10. تحقق من الانزلاق تحت المجهر ضوء الأهداف باستخدام جاف 10X 40X والتأكد من عدم ومتباعدة بالتساوي الكروموسومات الطورية وينتشر. التحقق من وجود السيتوبلازم المحيطة الكروموسومات. إذا تم المضي قدما الحالي السيتوبلازم مع المعالجة الشريحة (الببسين الهضم)، إذا لم يكن هناك وجود السيتوبلازم والكروموسومات يكون التشكل جيد، ثم ليست هناك حاجة لمعالجة مسبقة الشريحة.

2. المعالجة الشريحة (البيبسين العلاج)

  1. تطبيق 120 ميكرولتر من حل ريبونوكلياز 1:200 (20 ملغ / مل) الذائب في 2X-SSC الصعود إلى 24 ملم × 60 ملم ساترة المجهر وعكس الوجه الشريحة الطورية أسفل على ساترة بلطف ثم عكس الوجه الشريحة الطورية صعودا واحتضان في 37 درجة مئوية لمدة 45 دقيقة.
  2. إزالة بعناية ساترة دون خدش الشريحة، وأغسلها في 2X-SSC العازلة في جرة coplin كل 5 دقائق لمدة 15 دقيقةمع اهتزاز.
  3. إضافة 5-15 ميكرولتر من محلول المخزون البيبسين (100 ملغ / مل في DH 2 O) في كوب نظيف ثم قم بإضافة 100 مل من prewarmed (37 درجة مئوية) 0.01M حمض الهيدروكلوريك. ومن المهم أن يتم إضافة إلى البيبسين نظيفة الكأس الأولى، وليس مباشرة في محلول HCl، وإلا فإنه لن تذوب في المحلول. احتضان الشريحة في جرة coplin التي تحتوي على محلول HCl / البيبسين على 37 درجة مئوية لمدة 3-5 دقيقة. هذه الخطوة الهامة جدا وهضم الكثير سيؤدي إلى overdigested الصبغيات (الكروموسومات)، وأيضا الهضم قليل سيغادر السيتوبلازم عسر الهضم التي قد تؤدي إلى عدم محددة وملزمة من لجنة التحقيق، وتتداخل مع إشارة التهجين.
  4. غسل الشريحة في وعاء يحتوي على 100 مل coplin 1X-برنامج تلفزيوني لمدة 5 دقائق مرتين في درجة حرارة الغرفة.
  5. غسل الشريحة في وعاء يحتوي على 100 ​​مل coplin 1X-PBS/MgCl 2 لمدة 5 دقائق في درجة حرارة الغرفة (50 مل من MgCl 1M 2 في 950 مل من 1X-PBS).
  6. ضع الشريحة في containin جرة coplinز الفورمالديهايد 100 مل 1٪ لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة (1.7 مل من الفورمالدهيد 37٪ في 100 مل من 1X-PBS/MgCl 2).
  7. غسل الشريحة في وعاء يحتوي على 100 مل coplin 1X-برنامج تلفزيوني لمدة 5 دقائق.
  8. مراقبة الشريحة تحت المجهر ضوء باستخدام عدسة جاف 40X لضمان أن يتم هضمها الشرائح بشكل صحيح وعدم وجود السيتوبلازم، ويتم الحفاظ على التشكل كروموسوم. تحديد منطقة للتهجين باستخدام قلم الماس.

3. كروموسوم وتحقيق تمسخ وتهجين

  1. إعداد الطازجة حل تبديل طبيعة (70٪ formamide/2X محكمة أمن الدولة، ودرجة الحموضة 7.0) وprewarm إلى 70-80 درجة مئوية في جرة coplin وضعت في مكان ماء حمام الشريحة في جرة coplin التي تحتوي على حل تبديل طبيعة في حمام مائي على 70 درجة مئوية لمدة الكروموسومات الماوس و 80 درجة مئوية لمدة الكروموسومات البشرية ل30S-1.5 دقيقة.
  2. تضع فورا الشريحة في الجليد الباردة الايثانول 70٪ لمدة 3 دقائق ثم بنسبة 80٪ و 100٪ من الإيثانول لمدة 3 دقائق لكل والهواء الجاف. فحص الشريحةلمورفولوجيا كروموسوم. راشي جيد مورفولوجيا كروموسوم بواسطة الكروموسومات الظلام وليس "مرحلة الضوء" أو هالة الكروموسومات.
  3. الحارة التحقيق SkyPaint (SKY عدة الطلاء؛ قارورة رقم 1) في 37 درجة مئوية مع الهز لمدة 20 دوامة، دقيقة، وأجهزة الطرد المركزي لفترة وجيزة في 1000 دورة في الدقيقة لبضع ثوان.
  4. تفسد لجنة التحقيق في thermocycler المبرمجة لدورة على مرحلتين في 85 درجة مئوية للدورة 5 دقائق تليها 37 درجة مئوية لمدة 60 دقيقة للسماح المسمى مسبار الحمض النووي لpreannealing.
  5. تطبق 10μl من التحقيق التشويه والتحريف على مجال تهجين والغطاء مع 22 ملم X 40 ملم ساترة التأكد من عدم اعتراض فقاعات الهواء. ختم حواف ساترة مع الاسمنت والمطاط واحتضانها في غرفة مرطب على 37 درجة مئوية ل48-72 ساعة.

4. فلوري كشف التحقيق

  1. إزالة ساترة بعناية ووضع الشرائح في وعاء يحتوي على coplin prewarmed (45 درجة مئوية) غسل الحل الأول (الطازجة formamide 50٪ في محكمة أمن الدولة 2X). يغسل لمدة 5 دقائقثلاث مرات في 45 درجة مئوية في حمام ماء اهتزاز في 45 دورة في الدقيقة
  2. غسل الشريحة في غسل حل ثانيا (1X SSC) على 45 درجة مئوية لمدة 5 دقائق مرتين مع اهتزاز.
  3. غسل الشريحة في غسل حل ثالثا (4X SSC/0.1٪ توين 20) لمدة 5 دقائق عند 45 درجة مئوية مع الهز.
  4. تطبيق 80 ميكرولتر من كاشف حظر (SKY عدة الطلاء؛ قارورة رقم 2)، وضع ساترة واحتضانها في 37 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.
  5. إزالة الشريحة والسماح لاستنزاف السائل. تطبيق 80 ميكرولتر من كاشف تلطيخ Cy5 (المركزة جسم الكشف CAD عدة؛ قارورة # 3)، وتطبيق ساترة واحتضانها في 37 درجة مئوية لمدة 40 دقيقة.
  6. غسل الشريحة مع غسل حل ثالثا في 45 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ثلاث مرات مع اهتزاز.
  7. تطبيق 80 ميكرولتر من كاشف تلطيخ Cy5.5 (المركزة جسم الكشف CAD عدة؛ قارورة رقم 4)، وضع ساترة واحتضانها في 37 درجة مئوية لمدة 40 دقيقة.
  8. غسل الشريحة مع غسل حل ثالثا في 45 درجة مئوية لمدة 5 دقائق ثلاث مرات مع اهتزاز.
  9. إمالة الشريحة، والسماح للالسائل إلى استنزاف. تطبيق 20 ميكرولتر من كاشف دابي مكافحة تتلاشى (SKY عدة الطلاء؛ قارورة # 5) ووضع 24 ملم × 60 ملم ساترة المجهر. إزالة بعناية فقاعات الهواء التي يمكن أن تشكل. ولا يمكن تصوير الشرائح مباشرة أو تخزينها في 4 درجات مئوية في الظلام لمدة لا تزيد عن 1 في الاسبوع.

5. الحصول على الصور والتحليل

  1. ويتم إنجاز الحصول على الصور من خلال عرض الشرائح الطورية باستخدام مجهر أوليمبوس مجهزة عدسة النفط غمر 60X، مكعب الطيفي (مصممة خصيصا تمريرة فرقة ثلاثي فلتر)، وهو مرشح دابي ووحدة تداخل سانياك مع كاميرا CCD.
  2. ونفذت الأطياف بعضها، خارج باستخدام SKY مشاهدة البرامج التطبيقية (النسخة التصوير الطيفي 1.62) بعد دليل المستخدم.
  3. بعد تحليل الصور، ويمكن أن ينظر إلى الكروموسومات مثل الصور الملونة (مع الألوان الفلورية محددة)، الصور الملونة الزائفة (مع الألوان للتصنيف)، والمقلوب الصور دابي (نمط معين النطاقات).
e_title "> النتائج الممثل 6.

إجراء SKY كاملة تستغرق عادة حوالي مرة واحدة في الأسبوع (الشكل 1). وهذا يشمل الحصول على الصور والتحليل شريطة أن الخلايا الطورية في إمدادات كافية. تحليل Karyotyping يكشف النمط النووي العادي الماوس (40، XY) من الخلايا من نوع الفئران البرية (الشكل 2A). في المقابل، الخلايا من Pkd1 - / - الماوس (PKD نموذج الفأر) يظهر زيادة كبيرة في عدد الصبغيات والتشوهات الهيكلية، مثل الحذف الصبغي (الكروموزوم رقم 8) وtranslocations (الكروموسومات رقم 11 و 19) (الشكل 2B). نحن أيضا تحليل الأنسجة الوعائية من المرضى ADPKD. وأشارت دراسة بسيطة عن طريق عد الأرقام أن الكروموسومات غير ADPKD وبعض العينات ADPKD الأوعية الدموية وكانت أعداد الكروموسومات عادي من 23 زوجا (الشكل 2C). بشكل عام، ومع ذلك، لاحظنا عدم فصل الكروموسومات، مما أدى في 46 زوجا من الكروموسومات في ADPKD عينات بدلا من 23 زوجا (الشكل 2D).

الشكل 1
الشكل 1. SKY انسيابي بروتوكول. الرسم البياني للبروتوكول SKY يوضح الخطوات لإكمال تجربة بدءا من خلية المعالجة والتحضير الطورية إلى الحصول على الصور وتحليلها. ويرد تقريبي لمدة أسبوع جدول زمني على اليسار مع خطوة بخطوة إجراءات كل يوم.

الشكل 2
الشكل 2. karyotyping الطيفية في خلد خطوط الخلايا الماوس وعزل الخلايا الأولية طازجة الإنسان تظهر. اللون والصور دابي المقلوب من الكروموسومات فردي قبل الفرز الكروموسومات. بعد الفرز، وتعرض الصبغيات (الكروموسومات) في الجدول "تصنيف". صورة السماء) من انتشار الطورية من الماوس النوع البري يحتوي على النمط النووي العادي (40، XY). ب) Pkd1 - / -. ماوس يظهر الشاذ عدد الكروموزوم (68 بدلا من 40) وشذوذ الكروموسومات مثل الحذف الصبغي (الكروموزوم رقم 8) وtranslocations الصبغي (الكروموسومات رقم 11 و 19) ج) SKY صورة من انتشار الطورية من الأنسجة الوعائية للمريض غير عادي ADPKD لديه النمط النووي (46، XX). د) صورة السماء انتشار الطورية من الأنسجة الوعائية من مريض ADPKD يحتوي على النمط النووي غير طبيعي (92، XXXX). وقد أجزاء من بيانات أبلغ عنها سابقا وإعادة استخدامها بإذن 14.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

Karyotyping الطيفية (السماء) هو تقنية علم الوراثة الخلوية المستخدمة في دراسة التراكيب الجينية والكروموسومات. هذه التقنية يستفيد من تحقيقات اللوحة كروموسوم، ويتم الحصول على الكشف عن هذه التحقيقات من خلال تداخل سانياك. عملية SKY كاملة تستغرق عادة حوالي أسبوع واحد، وأنها تنطوي على خطوات رئيسية عدة (الشكل 1). وSKY يستخدم بروتوكول قياسي، والذي وصف لأول مرة من قبل باديلا، ناش وآخرون 3. ومنذ ذلك الحين بروتوكول تكييفها من قبل مختبرات علم الوراثة الخلوية المختلفة، بما في ذلك لنا.

من بين الخطوات الرئيسية في البروتوكول، والطورية نوعية جيدة الإعداد من المهم للغاية أن يكون لها تحليل SKY ناجحة. على سبيل المثال، إذا كان لديك الكروموسومات السيتوبلازم أكثر من اللازم أو إذا الشرائح القديمة جدا، يمكن أن يعرض للخطر نوعية الصور. كما رأينا في فيلم كليب لدينا، يمكن أن محتوى السيتوبلازم التعرف عليها بسهولة باستخدام دقة عالية من الفرقتقنية تدخل على النقيض المجهري. وبالإضافة إلى ذلك، توفر خلايا نشطة الفاصل هو شرط أساسي لتحليل السماء، ويمكن التغلب على ذلك عن طريق العلاج مع colcemid لفترة أطول أو إضافة من عوامل النمو الأخرى للخلايا. معدل النجاح العام من السماء وتعتمد إلى حد كبير على المهارات والخبرات للمستخدم.

SKY يوفر أداة قوية وموثوقة لتحليل الكروموسومات، بما في ذلك تغييرات هيكلية في كروموسوم واحد. بالإضافة إلى تعدد الصيغ الصبغية الخلوية، SKY يوفر إمكانية لدراسة الإدراج كروموسوم، والحذف، الازدواجية وtranslocations. على سبيل المثال، SKY يسمح تحديد التشوهات الكروموسومية الرواية والمخفية، وتحديد من خلال إعادة ترتيب معقد تطور مرض السرطان والتقدم 15. وعلاوة على ذلك، وقد تم تطبيق SKY إلى حقل البحوث في علم الوراثة الخلوية النسبية، والذي يدرس إعادة ترتيب الكروموسومات خلال تطور 4. باستخدام تقنية SKY، مختبرنا يصبح أول لتحديد الشذوذات الصبغية في الفئران والبشر يعانون من مرض الكلى المتعدد الكيسات (الشكل 2). ليس هناك شك في أن السماء ستكون مفيدة في أمراض الكروموسومات العديد من يرتبط بها. في الواقع، فإننا نقترح أن السماء قد يكون من المفيد أيضا في التسبب أهداب ذات الصلة كثيرة، حيث ثبت أهداب لتنظيم انقسام الخلايا 14.

لأن الماوس والفئران هي نماذج حيوانية هامة لدراسة آلية للمرض وإلى إجراء تقييم وظيفي في الجسم الحي، ووضع مجسات الماوس والفئران لتحليل SKY سمح karyotyping الروتيني للصبغيات الفأر والجرذ. في الوقت الحاضر، ويقتصر ذلك السماء لدراسات الكروموسومات في الماوس، والإنسان والفئران. لكن، وكما المختبرات المزيد من البحوث استخدام الأنواع الأخرى لدراسة التراكيب الجينية، فمن المتوقع أن أكثر تحقيقات اللوحة الصبغي للكائنات مختلفة سوف تكون متاحة قريبا تجاريا.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

Acknowledgments

والكتاب أود أن أشكر برايان Muntean، لو شاو، تاكاهاشي ماكي ويمزج بلير للحصول على المساعدة التقنية. وأيد هذا العمل من قبل جوائز من المعاهد الوطنية للصحة (DK080640) وجامعة توليدو بالحركة وProMedica بحوث جائزة تحفيز للدكتور SURYA Nauli.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
DMEM Cellgro 10-013-CV
Fetal bovine serum (FBS) Hyclone SH30088-03
Penecillin/Streptomycin Thermo Fisher Scientific, Inc. SV30010
Colcemid Roche Group 10 295 892 001 10 μg/ml
HCl Fisher Scientific A144-500
KCl Fisher Scientific S77375-1
Phosphate buffered saline Thermo Fisher Scientific, Inc. SH30256-01
SKY paint probe kit (Human) Applied Spectral Imaging SKY000028
SKY paint probe kit (Mouse) Applied Spectral Imaging SKY000030
Concentrated antibody detection kit Applied Spectral Imaging SKY000033
Trypsin Thermo Fisher Scientific, Inc. SH30236.01
Methanol Fisher Scientific A433P-4
Acetic acid Fisher Scientific A38-212
RNase A Roche Group 10 109 169 001
Pepsin Sigma-Aldrich P6887-5G
MgCl2 Fluka 63069-500ML
37% Formaldehyde Mallinckrodt Baker Inc. 2106-02
20X SSC Promega Corp. V4261
Formamide Fluka 47671 prepare just before use
Tween-20 Fisher Scientific BP337-500
Microscope glass slides Fisher Scientific 12-549
Microscope cover glass 24x60mm VWR international 16004-312
Rubber cement Elmer’s
Hybridization/ humidifiedchamber/Tray Simport M920-2 put wet paper towels at the bottom
Thermocycler Eppendorf Epgradient S
Shaking platform/Orbital shaker Bellco Glass
Shaking/water bath Precision Scientific
DAPI filter cube Chroma Technology Corp.
SKY filter cube Chroma Technology Corp.
SpectraCube Applied Spectral Imaging
Inverted cell culture microscope Nikon Instruments Nikon Eclipse TS100
Fluorescence microscope Olympus Corporation IX70 60X oil

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Caspersson, T., Farber, S., Foley, G. E., Kudynowski, J., Modest, E. J., Simonsson, E., Wagh, U., Zech, L. Chemical differentiation along metaphase chromosomes. Experimental Cell Research. 49, 219-222 (1968).
  2. Seabright, M. A rapid banding technique for human chromosomes. Lancet. 2, 971-972 (1971).
  3. Padilla-Nash, H. M., Barenboim-Stapleton, L., Difilippantonio, M. J., Ried, T. Spectral karyotyping analysis of human and mouse chromosomes. Nature Protocols. 1, 3129-3142 (2006).
  4. Schrock, E., Zschieschang, P., O'Brien, P., Helmrich, A., Hardt, T., Matthaei, A., Stout-Weider, K. Spectral karyotyping of human, mouse, rat and ape chromosomes--applications for genetic diagnostics and research. Cytogenetic and Genome Research. 114, 199-221 (2006).
  5. Padilla-Nash, H. M., Heselmeyer-Haddad, K., Wangsa, D., Zhang, H., Ghadimi, B. M., Macville, M., Augustus, M., Schrock, E., Hilgenfeld, E., Ried, T. Jumping translocations are common in solid tumor cell lines and result in recurrent fusions of whole chromosome arms. Genes, Chromosomes & Cancer. 30, 349-363 (2001).
  6. Veldman, T., Vignon, C., Schrock, E., Rowley, J. D., Ried, T. Hidden chromosome abnormalities in haematological malignancies detected by multicolour spectral karyotyping. Nature Genetics. 15, 406-410 (1997).
  7. Karpf, A. R., Matsui, S. Genetic disruption of cytosine DNA methyltransferase enzymes induces chromosomal instability in human cancer cells. Cancer Research. 65, 8635-8639 (2005).
  8. Matsui, S., Faitar, S. L., Rossi, M. R., Cowell, J. K. Application of spectral karyotyping to the analysis of the human chromosome complement of interspecies somatic cell hybrids. Cancer Genetics and Cytogenetics. 142, 30-35 (2003).
  9. Nestor, A. L., Hollopeter, S. L., Matsui, S. I., Allison, D. A model for genetic complementation controlling the chromosomal abnormalities and loss of heterozygosity formation in cancer. Cytogenetic and Genome Research. 116, 235-247 (2007).
  10. Ried, T., Liyanage, M., du Manoir, S., Heselmeyer, K., Auer, K., Macville, M., Schrock, E. Tumor cytogenetics revisited: comparative genomic hybridization and spectral karyotyping. Journal of Molecular Medicine (Berlin, Germany). 75, 801-814 (1997).
  11. AbouAlaiwi, W. A., Takahashi, M., Mell, B. R., Jones, T. J., Ratnam, S., Kolb, R. J., Nauli, S. M. Ciliary polycystin-2 is a mechanosensitive calcium channel involved in nitric oxide signaling cascades. Circulation Research. 104, 860-869 (2009).
  12. Nauli, S. M., Alenghat, F. J., Luo, Y., Williams, E., Vassilev, P., Li, X., Elia, A. E., Lu, W., Brown, E. M., Quinn, S. J., Ingber, D. E., Zhou, J. Polycystins 1 and 2 mediate mechanosensation in the primary cilium of kidney cells. Nature Genetics. 33, 129-137 (2003).
  13. Nauli, S. M., Kawanabe, Y., Kaminski, J. J., Pearce, W. J., Ingber, D. E., Zhou, J. Endothelial cilia are fluid shear sensors that regulate calcium signaling and nitric oxide production through polycystin-1. Circulation. 117, 1161-1171 (2008).
  14. AbouAlaiwi, W. A., Ratnam, S., Booth, R. L., Shah, J. V., Nauli, S. M. Endothelial cells from humans and mice with polycystic kidney disease are characterized by polyploidy and chromosome segregation defects through survivin down-regulation. Human Molecular Genetics. 20, 354-367 (2011).
  15. Padilla-Nash, H. M., Nash, W. G., Padilla, G. M., Roberson, K. M., Robertson, C. N., Macville, M., Schrock, E., Ried, T. Molecular cytogenetic analysis of the bladder carcinoma cell line BK-10 by spectral karyotyping. Genes, Chromosomes & Cancer. 25, 53-59 (1999).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Usage Statistics