Metagenomic bibliotheken archief grote fragmenten van aaneengesloten genomische sequenties van micro-organismen zonder voorafgaande teelt. Het genereren van een gestroomlijnde procedure voor het maken en screening metagenomic bibliotheken is dus nuttig voor een efficiënte high-throughput onderzoek naar de genetische en metabolische eigenschappen van onbeschaafde microbiële assemblages. Hier zijn de belangrijkste protocollen gepresenteerd op video, die we voorstellen is de meest bruikbare indeling voor het nauwkeurig beschrijven van een lang proces dat afwisselend afhankelijk van de robotica instrumentatie en (menselijke) handmatige interventies. Eerst hebben we in dienst robotica in de bibliotheek van klonen op high-density macroarray membranen, die elk kunnen dupliceren kolonies bevatten twintig-vier 384-wells platen bibliotheek plaats. Automatisering is van essentieel belang voor deze procedure niet alleen voor de nauwkeurigheid en snelheid, maar ook als gevolg van de miniaturisering van voldoende omvang om het grote aantal van de bibliotheek klonen passen in zeer dichte ruimtelijke arrangementen. Eenmaal gegenereerd, hebben we naast gedemonstreerd hoe de macroarray membranen kunnen worden gescreend op genen van belang met behulp van aangepaste versies van standaard protocollen voor probe etikettering, membraan hybridisatie, en signaal detectie. We aanvulling op de visuele demonstratie van deze procedures met gedetailleerde beschrijvingen van de betrokken stappen en de benodigde materialen, die allemaal zijn online beschikbaar naast de video.
Protocol
1. Hybridisatie procedure Een hybridisatie buis duurt een of twee membranen (formaat 22 bij 22 cm). Gebruik 50 ml van hybridisatie mengsel en 0,5 mg van DNA-probe (10 ng / ml uiteindelijke concentratie) per hybridisatie buis. Voor de beste resultaten, gebruik van gel-gezuiverd DNA als probe. Als het opschalen van probe voorbereiding, toename aantal buizen in plaats van verhoging van het bedrag van de reagentia per buis. Sonde voorbereiding (0,5 mg DNA): V…
Discussion
De strippen procedure is nog niet geoptimaliseerd. Echter, de strippen procedure in opdracht van de fabrikant (2 wasbeurten per stuk, 10 min in 100% ethanol, een wash van 1 uur bij 60 ° C in 0,5% SDS) is onvoldoende. In ieder geval overnacht incubatie in 100% ethanol nodig is om de ECF reactieproduct te ontbinden; enkele dagen incubatie in 100% ethanol lijkt te hebben geen nadelige effecten op het vermogen om het membraan reprobe. De door de fabrikant SDS behandeling lijkt ook onvoldoende. Nuf heeft geprobeerd een uur bij 80 ° C met 0,5% …
Materials
Material Name
Type
Company
Catalogue Number
Comment
AlkPhos Direct Labelling Reagents
kit
Amersham
RPN3680
Contains labeling reagent, cross-linker solution, reaction buffer, water, control DNA, hybridization buffer, blocking reagent. Store hybridization buffer and blocking reagent at room temperature, other reagents at 2-8°C.
ECF Substrate
kit
Amersham
RPN3685
Contains ECF substrate, ECF substrate dilution buffer.
Note: Pack contains total 60 ml reagent; aliquot into 10 ml samples in Falcon tube and store at 20°C. Use about 10 ml per membrane (size of 22 by 22 cm).
20x Secondary Wash Buffer
buffer
121 g Tris (final 1 M),
117 g NaCl (final 2 M).
Adjust pH to 10. Adjust to 1 L with water. Store at 2-8°C for up to 4 months.
0.5 M NaH2PO4 buffer pH 7
buffer
69 g NaH2PO4.H2O.
Adjust pH to 7 with NaOH. Adjust to 1 L with water. Store at room temperature.
1 M MgCl2
50.8 g MgCl2.6H2O
Adjust to 250 ml with water. Store at room temperature.
10% (w/v) SDS
20 g SDS
Adjust to 200 ml with water. Store at room temperatur