Summary

Analyse quantitative de l'expression des protéines pour l'étude de Lineage Spécification dans Souris préimplantatoire d'embryons

Published: February 22, 2016
doi:

Summary

Ce protocole présente un procédé pour effectuer, une seule cellule dans l'analyse quantitative in situ de l'expression des protéines à l'étude de la spécification lignée dans des embryons de pré-implantation de la souris. Les procédures nécessaires pour la collecte des blastocystes, entiers montage détection par immunofluorescence de protéines, l'imagerie d'échantillons sur un microscope confocal, et la segmentation nucléaire et l'analyse d'images sont décrites.

Abstract

Ce protocole présente un procédé pour effectuer quantitative, unicellulaire analyse in situ de l'expression de la protéine à l'étude de la spécification lignée dans les embryons préimplantatoires de souris. Les procédures nécessaires à la collecte des embryons, immunofluorescence, l'imagerie sur un microscope confocal, et la segmentation d'images et l'analyse sont décrits. Cette méthode permet la quantification de l'expression de marqueurs nucléaires multiples et le spatial (XYZ) les coordonnées de toutes les cellules de l'embryon. Il tire profit de MN, un outil logiciel de segmentation d'image spécifiquement développé pour l'analyse des images confocales d'embryons préimplantatoires et les cellules souches embryonnaires (ESC) colonies. MN effectue une segmentation nucléaire non supervisé pour les directions X, Y et Z dimensions, et produit des informations de position de cellule dans l'espace à trois dimensions, ainsi que les niveaux de fluorescence nucléaire pour tous les canaux d'entrée minimale de l'utilisateur. Bien que ce protocole a été optimisée pour l'analyse des imagesde pré-implantatoire des embryons de souris de stade, il peut facilement être adapté à l'analyse de tous les autres échantillons présentant un bon rapport signal sur bruit et où la densité nucléaire à haute constitue un obstacle à la segmentation d'images (par exemple., analyse de l'expression des cellules souches embryonnaires (ESC ) colonies, la différenciation des cellules en culture, les embryons d'autres espèces ou de stades, etc.).

Introduction

L'embryon préimplantatoire de souris est un modèle pour étudier l'émergence et le maintien de la pluripotence in vivo, ainsi que d'un modèle pour l'étude de la spécification du destin cellulaire et de novo épithélialisation chez les mammifères. Les étapes de pré-implantation du développement des mammifères sont dédiés à la mise en place des trois lignées cellulaires qui composent le blastocyste, à savoir l'épiblaste pluripotentes – qui donne lieu à la plupart des tissus somatiques et les cellules germinales – et deux lignées extra-embryonnaires, le trophectoderme (TE) et endoderme primitif (PRE) (figure 1A) 1,2. Ce protocole décrit les procédures à (1) des embryons de souris récolte et fixer stade préimplantatoire, (2) effectuer immunofluorescence pour marquer des protéines d'intérêt, (3) d'effectuer l'ensemble du montage imagerie utilisant un microscope confocal avec des capacités et des z-sectionnement (4) effectuer la segmentation nucléaire d'images confocale et analyse d'image quantitative ultérieure. Ce pipeline permet til impartiales mesure des niveaux de protéines pour l'attribution des identités de cellules de caractériser les sous-populations de cellules in situ. Ce protocole peut être effectuée en moins de 3 à 4 jours pour un même portée (généralement jusqu'à 10 embryons de souris), de la collecte d'embryons à l'analyse de données (figure 1B). L'analyse simultanée de plusieurs portées augmenterait l'imagerie et l'analyse des données charge de temps, prolongeant ainsi la longueur totale du protocole.

L'embryon de souris au stade préimplantatoire est un système expérimental traitable qui, compte tenu de sa petite taille et la morphologie stéréotypée 3, est bien adapté pour l'imagerie de toto de processus cellulaires avec une résolution seule cellule. Pour mener à bien un impartiale, l'analyse au niveau des systèmes d'un nombre statistiquement pertinent d'embryons, un système automatisé, d'un pipeline d'analyse quantitative est souhaitable. Cependant, en raison de la densité élevée nucléaire de la masse cellulaire interne (ICM) du blastocyste ( <strong> Figure 1A, 2D), les plates-formes de segmentation d'image conventionnels ne parviennent pas à fournir une précision suffisante pour établir un workflow automatisé ou semi-automatisé. D'autre part, la segmentation manuelle, bien que corrects, ne permet pas le traitement de grandes cohortes de cellules et d'embryons, ni approprié pour une détermination objective et reproductible des identités de cellules – ce qui est particulièrement important lorsque l'on étudie les stades de développement, où les modes de marqueur expression n'a pas entièrement résolue (par exemple, ne présentent pas une distribution binaire sur une population). Nous avons récemment développé et validé une méthode de segmentation d'image adaptée aux embryons au stade de pré-implantation de la souris et des cellules de souris embryonnaires souches (CES) qui atteint une grande précision, tout en exigeant utilisateur minimale entrée 4-8.

Le pipeline d'analyse présentée ici tourne autour de l'outil de segmentation d'image basé sur MATLAB modulaire Interactive segmentation nucléaire (MIN) 4. MN performs segmentation nucléaire sans surveillance sur des lots importants de Z-piles confocale après que l'utilisateur a établi un nombre minimal de propriétés de l'image, en utilisant une interface utilisateur graphique (GUI) (tableau 1) 4. Ce pipeline est avéré efficace pour la génération de données à haut débit sur ​​l'expression des protéines et la localisation cellulaire à la fois de type sauvage, expérimentalement traitée et les embryons et les CES 5-7 génétiquement modifié. Dans le présent protocole, nous décrivons l'application de minutes pour la segmentation d'images d'embryon préimplantatoire stade. Pour des exemples de performances mn à CES s'il vous plaît se référer à 4,7. L'étape automatisée de segmentation nucléaire permet de réduire considérablement la charge de temps du processus d'identification de cellule, alors que les mesures spatiales et intensité de fluorescence permettent une détermination objective des identités de cellules et la production de cartes en trois dimensions de domaines d'expression génique et la position des cellules dans l'embryon (figure 1C </strong>). Par ailleurs, l'évolutivité de ce flux de travail, il est applicable à l'analyse des portées individuelles à travers de grandes cohortes d'embryons expérimentalement traitées, ou des embryons de différentes origines génétiques 5,6. MN est disponible gratuitement au http://katlab-tools.org (le logiciel nécessite une licence MATLAB).

Aucune approche développée à ce jour permet la génération de ces données en profondeur sur l'expression des protéines et la localisation cellulaire dans des embryons de pré-implantation de la souris. Toutes les tentatives jusqu'à présent à quantifier ces types de données ont été limitées à la détermination manuelle et la quantification du nombre de cellules pour différentes populations dans l'embryon (soit entièrement manuellement, ou un logiciel assistée) 9-19. Cette approche (intégrant le logiciel MN) a été adapté et testé sur les embryons et les CES préimplantatoires souris; néanmoins ses performances sur d'autres systèmes à forte densité nucléaire, mais encore non testé, devrait être équivalent.

Protocol

déclaration éthique: Tous les travaux des animaux, y compris l'élevage, l'élevage et le sacrifice a été approuvé par des institutionnels animal soin et l'utilisation Comité de Memorial Sloan Kettering Cancer Center (IACUC), protocole # 03-12-017. 1. Embryon Collection Remarque: Tous les travaux de l'animal doit avoir été approuvé par les autorités institutionnelles et locales et conforme aux règles locales et institutio…

Representative Results

Pour faciliter l'interprétation des données et de la présentation, il faut prendre soin de ne pas endommager les embryons lors de la collecte et de la manipulation, de sorte que toutes les cellules et leur position relative peuvent être analysés Figure 2A -. D montre des exemples de blastocystes intacts à différents stades avec une cavité élargie. En cas de dommage, des précautions supplémentaires doivent être prises lors de l'analyse et l'interpr…

Discussion

Le présent protocole décrit une méthode pour effectuer une analyse quantitative de l'ensemble de montage immunofluorescence sur préimplantatoire des embryons de souris de la scène. Un protocole robuste d'immunofluorescence 22 est suivie par haute résolution, l'ensemble du montage imagerie confocale et par la segmentation d'images en utilisant un morceau sur mesure de logiciels 4. Alors que le choix du protocole d'immunofluorescence est pas critique, on retrouve celle prés…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

The authors would like to thank Stefano Di Talia, Alberto Puliafito, Venkatraman Seshan and Panagiotis Xenopoulos, for input on data handling, analysis and representation, Berenika Plusa for assistance in the design of the immunofluorescence protocol and antibody testing and members of the Hadjantonakis lab for comments on the manuscript and on the development of this protocol. Work in our lab is supported by the National Institutes of Health R01-HD052115 and R01-DK084391, and by NYSTEM N13G-236.

Materials

Embryo collection
Blunt probe for plug checking Roboz RS-9580
Forceps Roboz RS-4978
Surgery scissors Roboz RS-5910
Glass Pasteur pipettes Fisher 13-678-20C
Pre-assembled aspirator tube & mouthpiece Sigma A5177
Longer rubber tubing Fisher 14-178-2AA   
M2 Millipore MR-015-D
FHM Millipore MR-024-D
Acid Tyrode's solution Millipore MR-004-D
Penicillin/Streptomycin Gibco 15140
Bovine Serum Albumin  Sigma A9647
4-well plates Nunc/Thermo-Fisher 12-566-300   
Name Company Catalog Number Comments
Immunofluorescence
96-well U-bottom plates Fisher 14-245-73
Triton X-100 Sigma T8787
Glycine Sigma G7403
Horse serum Sigma H0146
Primary antibodies Concentration
CDX2 Biogenex AM392-5M 1:200
GATA6 R&D AF1700 1:100
GATA4 Santa Cruz sc-9053 1:100, 10 min fixation
GATA4 Santa Cruz sc-1237 1:100, overnight fixation
SOX17 R&D AF1924 1:100
Nanog ReproCELL RCAB0002P-F 1:500
OCT4 Santa Cruz sc-5279 1:100, 10 min to overnight fixation
DAB2 BD BD-610464 1:200
Secondary antibodies Life Technologies Various 1:500
Hoechst 33342 Life Technologies H3570
Name Company Catalog Number Comments
Imaging
35 mm glass-bottom dishes MatTek P35G-1.5-14-C
Name Company Catalog Number Comments
Segmentation
Computer running 64-bit Windows OS n/a Verify minimal system requirements at http://katlab-tools.org and in Lou et al., (2014) Stem Cell Reports
MATLAB (software) Mathworks n/a
MINS (software) Free n/a http://katlab-tools.org

References

  1. Saiz, N., Plusa, B. Early cell fate decisions in the mouse embryo. Reproduction. 145 (3), R65-R80 (2013).
  2. Schrode, N., Xenopoulos, P., Piliszek, A., Frankenberg, S., Plusa, B., Hadjantonakis, A. -. K. Anatomy of a blastocyst: cell behaviors driving cell fate choice and morphogenesis in the early mouse embryo. Genesis. 51 (4), 219-233 (2013).
  3. Saiz, N., Plusa, B., Hadjantonakis, A. -. K. Single cells get together: High-resolution approaches to study the dynamics of early mouse development. Seminars in cell & developmental biology. , (2015).
  4. Lou, X., Kang, M., Xenopoulos, P., Muñoz-Descalzo, S., Hadjantonakis, A. -. K. A Rapid and Efficient 2D/3D Nuclear Segmentation Method for Analysis of Early Mouse Embryo and Stem Cell Image Data. Stem Cell Reports. 2 (3), 382-397 (2014).
  5. Le Bin, G. C., Muñoz-Descalzo, S., et al. Oct4 is required for lineage priming in the developing inner cell mass of the mouse blastocyst. Development. 141 (5), 1001-1010 (2014).
  6. Schrode, N., Saiz, N., Di Talia, S., Hadjantonakis, A. -. K. GATA6 Levels Modulate Primitive Endoderm Cell Fate Choice and Timing in the Mouse Blastocyst. Developmental Cell. 29 (4), 454-467 (2014).
  7. Xenopoulos, P., Kang, M., Puliafito, A., Di Talia, S., Hadjantonakis, A. -. K. Heterogeneities in Nanog Expression Drive Stable Commitment to Pluripotency in the Mouse Blastocyst. Cell Reports. 10 (9), 1508-1520 (2015).
  8. Saiz, N., Kang, M., et al. Quantitative analyses for elucidating mechanisms of cell fate commitment in the mouse blastocyst. Proceedings of SPIE. 9334, (2015).
  9. Fleming, T. P. A quantitative analysis of cell allocation to trophectoderm and inner cell mass in the mouse blastocyst. Developmental biology. 119 (2), 520-531 (1987).
  10. Dietrich, J. -. E., Hiiragi, T. Stochastic patterning in the mouse pre-implantation embryo. Development. 134 (23), 4219-4231 (2007).
  11. Plusa, B., Piliszek, A., Frankenberg, S., Artus, J., Hadjantonakis, A. -. K. Distinct sequential cell behaviours direct primitive endoderm formation in the mouse blastocyst. Development. 135 (18), 3081-3091 (2008).
  12. Gerbe, F., Cox, B., Rossant, J., Chazaud, C. Dynamic expression of Lrp2 pathway members reveals progressive epithelial differentiation of primitive endoderm in mouse blastocyst. Developmental biology. 313 (2), 594-602 (2008).
  13. Nichols, J., Silva, J., Roode, M., Smith, A. Suppression of Erk signalling promotes ground state pluripotency in the mouse embryo. Development. 136 (19), 3215-3222 (2009).
  14. Yamanaka, Y., Lanner, F., Rossant, J. FGF signal-dependent segregation of primitive endoderm and epiblast in the mouse blastocyst. Development. 137 (5), 715-724 (2010).
  15. Morris, S. A., Teo, R. T. Y., Li, H., Robson, P., Glover, D. M., Zernicka-Goetz, M. Origin and formation of the first two distinct cell types of the inner cell mass in the mouse embryo. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (14), 6364-6369 (2010).
  16. Artus, J., Panthier, J. -. J., Hadjantonakis, A. -. K. A role for PDGF signaling in expansion of the extra-embryonic endoderm lineage of the mouse blastocyst. Development. 137 (20), 3361-3372 (2010).
  17. Artus, J., Piliszek, A., Hadjantonakis, A. -. K. The primitive endoderm lineage of the mouse blastocyst: Sequential transcription factor activation and regulation of differentiation by Sox17. Developmental biology. 350 (2), 393-404 (2011).
  18. Kang, M., Piliszek, A., Artus, J., Hadjantonakis, A. -. K. FGF4 is required for lineage restriction and salt-and-pepper distribution of primitive endoderm factors but not their initial expression in the mouse. Development. 140 (2), 267-279 (2013).
  19. Bessonnard, S., De Mot, L., et al. Gata6, Nanog and Erk signaling control cell fate in the inner cell mass through a tristable regulatory network. Development. 141 (19), 3637-3648 (2014).
  20. Behringer, R. R., Gertsenstein, M., Vintersten Nagy, K., Nagy, A. . Manipulating the mouse embryo: a laboratory manual. , (2014).
  21. Czechanski, A., Byers, C., et al. Derivation and characterization of mouse embryonic stem cells from permissive and nonpermissive strains. Nature Protocols. 9 (3), 559-574 (2014).
  22. Frankenberg, S., Shaw, G., Freyer, C., Pask, A. J., Renfree, M. B. Early cell lineage specification in a marsupial: a case for diverse mechanisms among mammals. Development. 140, 965-975 (2013).
  23. Artus, J., Vandormael-Pournin, S., Frödin, M., Nacerddine, K., Babinet, C., Cohen-Tannoudji, M. Impaired mitotic progression and preimplantation lethality in mice lacking OMCG1, a new evolutionarily conserved nuclear protein. Molecular and cellular biology. 25 (14), 6289-6302 (2005).
  24. Saiz, N., Grabarek, J. B., Sabherwal, N., Papalopulu, N., Plusa, B. Atypical protein kinase C couples cell sorting with primitive endoderm maturation in the mouse blastocyst. Development. 140 (21), 4311-4322 (2013).

Play Video

Cite This Article
Saiz, N., Kang, M., Schrode, N., Lou, X., Hadjantonakis, A. Quantitative Analysis of Protein Expression to Study Lineage Specification in Mouse Preimplantation Embryos. J. Vis. Exp. (108), e53654, doi:10.3791/53654 (2016).

View Video