Summary

Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification

Published: May 18, 2020
doi:

Summary

Ici, nous présentons un protocole CLIP-seq modifié appelé FBIoCLIP-seq avec purification tandem FLAG-biotine pour déterminer les cibles arn des protéines liant l’ARN (RBPs) dans les cellules mammifères.

Abstract

Les protéines liant l’ARN et l’ARN (P RB) contrôlent de multiples processus biologiques. L’arrangement spatial et temporel des ARN et des PRR sous-tend la réglementation délicate de ces processus. Une stratégie appelée CLIP-seq (liaison croisée et immunoprécipitation) a été mise au point pour capturer les interactions protéine-ARN endogènes avec les liaisons UV suivies d’immunoprécipitation. Malgré l’utilisation à grande échelle de la méthode clip-seq conventionnelle dans l’étude RBP, la méthode CLIP est limitée par la disponibilité d’anticorps de haute qualité, de contaminants potentiels provenant des P RB copurifiés, de l’exigence de manipulation des isotopes et de la perte potentielle d’information au cours d’une procédure expérimentale fastidieuse. Ici, nous décrivons une méthode clip-seq modifiée appelée FBIoCLIP-seq en utilisant la purification tandem tag FLAG-biotine. Grâce à la purification en tandem et à des conditions de lavage rigoureuses, presque toutes les protéines liant l’ARN interagissent sont éliminées. Ainsi, les ARN qui interagissent indirectement sous la couverture de ces PRR copurifiés sont également réduits. Notre méthode FBIoCLIP-seq permet une détection efficace des ARN directs liés aux protéines sans SDS-PAGE et sans procédures de transfert de membrane s’il n’y a pas d’isotopes et d’anticorps spécifiques aux protéines.

Introduction

Les ARN et les protéines liant l’ARN contrôlent divers processus cellulaires, y compris l’épissage, la traduction, la biogenèse ribosome, la régulation épigénétique et la transition du destincellulaire 1,2,3,4,5,6. Les mécanismes délicats de ces processus dépendent de l’arrangement spatial et temporel unique des ARN et des PRR. Par conséquent, une étape importante vers la compréhension de la régulation de l’ARN au niveau moléculaire consiste à révéler les informations positionnelles sur les sites contraignants des P RB.

Une stratégie appelée liaison croisée et immunoprécipitation (CLIP-seq) a été mise au point pour capturer les interactions protéine-ARN avec les liaisons UV suivies de l’immunoprécipitation de la protéine d’intérêt7. La principale caractéristique de la méthodologie est l’induction de liens croisés covalents entre une protéine liant l’ARN et ses molécules d’ARN directement liées (dans ~1 Å) par irradiation UV8. Les empreintes RBP peuvent être déterminées par le clustering des balises CLIP et l’appel de pointe, qui ont généralement une résolution de 30−60 nt. Alternativement, l’étape de transcription inverse de CLIP peut conduire à des indélébiles (insertions ou suppressions) ou des substitutions aux sites de liaison croisée, ce qui permet d’identifier les sites de liaison protéique sur les ARN à une résolution à nucléotide unique. Des pipelines comme Novoalign et CIMS ont été développés pour l’analyse des résultats de séquençage à haut débit de CLIP-seq8. Plusieurs méthodes clip-seq modifiées ont également été proposées, y compris la résolution individu-nucléotide reliant et immunoprécipitant (iCLIP), clip amélioré (eCLIP), irCLIP, et ribonucleoside-amélioré photoactivatable cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP)9,10,11,12.

Malgré l’utilisation à grande échelle des méthodes traditionnelles clip-seq dans l’étude des P RB, les méthodes CLIP présentent plusieurs inconvénients. Tout d’abord, l’électrophoresis de gel dénaturé fastidieux et la procédure de transfert de membrane peuvent mener à la perte de l’information, et causer la complexité limitée de séquence. Deuxièmement, la méthode clip à base d’anticorps protéiques peut tirer vers le bas un complexe protéique au lieu d’une seule protéine cible, ce qui peut conduire à de fausses interactions positives protéine-ARN à partir des RBPs copurifiés. Troisièmement, la stratégie à base d’anticorps nécessite une grande quantité d’anticorps de haute qualité, ce qui rend l’application de ces méthodes inadéquate pour l’étude des RBPs sans anticorps de haute qualité disponibles. Quatrièmement, la méthode CLIP traditionnelle exige que l’ATP radioétique étiqueter les ARN liés aux protéines.

La forte affinité de la streptavidine avec les protéines biotinylées en fait une approche très puissante pour purifier des protéines ou des complexes protéiques spécifiques. La biotinylation efficace des protéines portant une séquence artificielle de peptide par ligase bactérien de biotine de BirA exprimée ectopiquement dans les cellules mammifères en fait une stratégie efficace pour exécuter la purification de biotine in vivo13. Nous avons développé une méthode clip-seq modifiée appelée FBIoCLIP-seq(FLAG-Bioteinté Cross-lencrage et jemmunoprecipitation suivie d’un séquençage à haut débit) en utilisant FLAG-biotin tag tandem purification14 (Figure 1). Grâce à la purification en tandem et à des conditions de lavage rigoureuses, presque tous les P RB en interaction sontéliminés ( figure 2). Les conditions de lavage rigoureuses permettent également de contourner le SDS-PAGE et le transfert de membrane, qui est exigeant en main-d’œuvre et techniquement difficile. Et semblable à eCLIP et irCLIP, la méthode FBIoCLIP-seq est sans isotopes. Sauter les étapes de fonctionnement et de transfert du gel permet d’éviter la perte d’informations, de garder intactes les interactions protéine-ARN authentiques et d’augmenter la complexité de la bibliothèque. De plus, l’efficacité élevée du système de marquage en fait un bon choix pour les P RB sans anticorps de haute qualité disponibles.

Ici, nous fournissons une description étape par étape du protocole CLIP-seq fbiopour les cellules mammifères. En bref, les cellules sont reliées entre elles par 254 nm UV, suivies de la lyse cellulaire et de l’immunoprécipitation FLAG (FLAG-IP). Ensuite, les complexes protéine-ARN sont encore purifiés par la capture d’affinité de biotine et les ARN sont fragmentés par digestion partielle avec MNase. Ensuite, l’ARN lié aux protéines est déphosphorylaté et ligaté avec un linker de 3′. Un lieneur d’ARN de 5′ est ajouté après que l’ARN soit phosphorylaté avec PNK et élulisé par la digestion de proteinase K. Après transcription inverse, les signaux arn lié aux protéines sont amplifiés par PCR et purifiés par purification du gel agarose. Deux RBPs ont été choisis pour illustrer le résultat de FBIoCLIP-seq. LIN28 est une protéine liant l’ARN bien caractérisée impliquée dans la maturation des microARN, la traduction des protéines et la reprogrammationcellulaire 15,16,17. WDR43 est une protéine contenant du domaine WD40 qui coordonnerait la biogenèse ribosome, la transcription eucaryotique et le contrôle de la pluripotence des cellules souchesembryonnaires 14,18. Conformément aux résultats précédemment rapportés pour LIN28 avec CLIP-seq, FbioCLIP-seq révèle des sites contraignants de LIN28 sur des motifs « GGAG » dans le microARN mir-let7g et les ARNM16,19 (Figure 3). WDR43 FbioCLIP-seq a également identifié la préférence contraignante de WDR43 avec des espaceurs transcrits externes de 5′ (5′-ETS) des pré-rRNAs20 (Figure 4). Ces résultats valident la fiabilité de la méthode FBIoCLIP-seq.

Protocol

1. Construction de lignes cellulaires Cloner le gène d’intérêt dans un vecteur PiggyBac pPiggyBac-FLAG-bio-[cDNA d’intérêt]-(Hygromycine-résistant) plasmide qui porte un FLAG-biotin epitope13,21 pour exprimer une étiquette FLAG-biotine fusionné RBP(FBRBP). Cotransfecter le vecteur d’expression FBRBP avec le vecteur pBase dans une lignée cellulaire exprimant l’enzyme BirA22.REMA…

Representative Results

La représentation schématique de la procédure CLIP-seq du Fbioest indiquée dans la figure 1. Par rapport à la purification d’affinité en une étape médiée par flag ou à base de streptavidine, la purification en tandem FLAG-biotine a éliminé presque toutes les protéines copurifiées, évitant ainsi la contamination des interactions indirectes protéine-ARN (figure 2). Les résultats représentatifs de FBIoCLIP-seq pour LIN28 et…

Discussion

Ici, nous introduisons une méthode CLIP-seq modifiée appelée FBIoCLIP-seq, en profitant du système flag-biotine double marquage pour effectuer la purification en tandem des complexes protéines-ARN. Il a été démontré que le système de double étiquetage FLAG-biotine est puissant pour identifier les interactions protéine-protéines et protéines-ADN13,21. Ici, nous démontrons la grande spécificité et la commodité de ce système dans l’id…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Le soutien des subventions est du Programme national de recherche fondamentale de Chine (2017YFA0504204, 2018YFA0107604), de la National Natural Science Foundation of China (31630095) et du Center for Life Sciences de l’Université de Tsinghua.

Materials

Equipment
UV crosslinker UVP HL-2000 HybrilLinker
Affinity Purification Beads
ANTI-FLAG beads Sigma-Aldrich A2220
Streptavidin beads Invitrogen 112.06D
Reagents
10x PBS Gibco 70013032
3 M NaOAc Ambion AM9740
3 x FLAG peptide Sigma-Aldrich F4799
ATP Sigma-Aldrich A6559
Calcium chloride (CaCl2) Sigma-Aldrich C1016
CIP NEB M0290S CIP buffer is in the same package.
DTT Sigma-Aldrich D0632
EDTA Sigma-Aldrich E9884
EGTA Sigma-Aldrich E3889
Gel purification kit QIAGEN 28704
Glycogen Ambion AM9510
Magnesium chloride (MgCl2) Sigma-Aldrich 449172
MNase NEB M0247S
NP-40 Amresco M158-500ML
PMSF Sigma-Aldrich 10837091001
Porteinase K TAKARA 9033
Protease inhibitor cocktail Sigma-Aldrich P8340
Q5 High-Fidelity 2X Master Mix NEB 0492S
reverse trancriptase (SupperScriptIII) Invitrogen 18080093
RNA isolation reagent (Trizol) Invitrogen 15596018
RNase Inhibitor ThermoFisher EO0381
RNaseOUT Invitrogen 10777019
RQ1 Dnase Promega M6101
SDS Sigma-Aldrich 1614363
Sodium chloride Sigma-Aldrich S9888
Sodium deoxycholate Sigma-Aldrich D6750
T4 PNK NEB M0201S PNK buffer is in the same package.
T4 RNA ligaes ThermoFisher EL0021 T4 RNA ligase buffer and BSA are in the same package.
T4 RNA ligase2, truncated NEB M0242S T4 RNA ligase buffer and 50% PEG are in the same package.
Trypsin-EDTA ThermoFisher 25200072
Urea Sigma-Aldrich 208884
mESC culture medium
DMEM (80%) Gibco 11965126
2-Mercaptoethanol Gibco 21985023
FCS (15%) Hyclone
Glutamax (1%) Gibco 35050061
LIF purified recombinant protein; 10,000 fold dilution
NEAA (1%) Gibco 11140050
Nucleoside mix (1%) Millipore ES-008-D
Penicillin-Streptomycin (1%) Gibco 15140122
Kit
DNA gel extraction kit QIAGEN 28704

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Bi, X., Zhang, X., Shen, X. Transcriptome-Wide Profiling of Protein-RNA Interactions by Cross-Linking and Immunoprecipitation Mediated by FLAG-Biotin Tandem Purification. J. Vis. Exp. (159), e60730, doi:10.3791/60730 (2020).

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