Mikrobielle biofilm udgøres generelt af forskellige subpopulationer af specialiserede celler. Enkelt-celle-analyse af disse subpopulationer kræver anvendelse af fluorescerende reportere. Her beskriver vi en protokol til at visualisere og overvåge flere subpopulationswithin<em> B. subtilis</em> Biofilm med fluorescensmikroskopi og flow-cytometri.