Kombinationen af kromatin immunopræcipitation og ultra-high-throughput sekventering (Chip-seq) kan identificere og kortlægge protein-DNA interaktioner i en given vævs-eller cellelinie. Skitseret, er hvordan man kan generere en høj kvalitet chip skabelon til efterfølgende sekventering, ved hjælp erfaring med transkriptionsfaktor TCF7L2 som et eksempel.