果蝇组织中往往含有细胞类型的非均相混合物。为了检验从一个特定的组织特异性细胞类型的基因表达,细胞核可遗传标记,随后使用具有亲和力为基础的方法分离出来。分离的细胞核,可用于下游应用,如基因表达分析和染色质免疫沉淀。