Drosophila vev inneholder ofte en heterogen blanding av celletyper. For å undersøke genekspresjon i spesifikke celletyper fra et bestemt vev, kan kjerner bli genetisk kodet og deretter isolert ved hjelp av en affinitets-baserte metode. Isolerte cellekjerner kan brukes til nedstrøms applikasjoner som genekspresjonsanalyse og kromatin immunoutfelling.