Journal
/
Genetics
/
Kartlegging genomet hele tilgjengelig Chromatin i primære menneskelige T-lymfocytter av ATAC-Seq
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

Kartlegging genomet hele tilgjengelig Chromatin i primære menneskelige T-lymfocytter av ATAC-Seq

DOI:
10.3791/56313-v

•

09:08 min

•

November 13, 2017

•

, , , ,
1The Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences,Bar-Ilan University

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:54Purification of Naïve Human CD4+ Cells, Polarization to Th1 and TH2 Cells, and Nuclei Extraction
  • 03:18Transposition Reaction and Library Amplification
  • 04:33Size Selection of ATAC-seq Libraries
  • 06:48Results: Quality Control and Next Generation Sequencing Reads
  • 08:07Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Analysen for Transposase tilgjengelig Chromatin kombinert med høy gjennomstrømming sekvensering (ATAC-seq) er en genomet-bred å avdekke tilgjengelig chromatin. Dette er en trinnvis ATAC-seq-protokollen fra molekylær til den endelige beregningsorientert analysen, optimalisert for menneskelig lymfocytter (Th1/Th2). Denne protokollen kan vedtas av forskere uten tidligere erfaring i neste generasjons sekvensering metoder.

Tags

ATAC-SeqChromatin AccessibilityGenome-wideRegulatory ElementsT LymphocytesEpigenomicsPrimary CellsTransposaseNuclei IsolationTh1Th2Cell Activation

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Genome-wide Fastsettelse av pattedyr Replication Timing av DNA innhold Measurement

Genom-brede kartlegging av protein-DNA-interaksjoner med ChEC-seq i<em> Saccharomyces cerevisiae</em

Kromatinimmunpresipitasjon (ChIP) i mus-T-cellelinjer

Retroviral skanning: Mapping MLV Integrering Sites for å definere Cell-spesifikke Regulatory Regioner

Bfu genomet hele transkripsjon forfall i voksende og Quiescent menneskelig fibroblaster

Generasjon av genomet hele Chromatin konformasjon fange biblioteker fra tett trinnvis tidlig Drosophila embryo

Promotoren fange Hei-C: Med høy oppløsning, genomet-bred profilering av arrangøren interaksjoner

CRISPR-mediert reorganisering av Chromatin Loop struktur

Genomet hele overvåking av transkripsjon feil i eukaryote organismer

ATAC-seq analysen med lav Mitokondrielt DNA forurensning fra primære menneskelige CD4 + T-lymfocytter

Read Article