Journal
/
Genetics
/
Kortlægning Genome-wide tilgængelige kromatin i primære humane T lymfocytter af ATAC-Seq
JoVE Journal
Genetics
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Genetics
Mapping Genome-wide Accessible Chromatin in Primary Human T Lymphocytes by ATAC-Seq

Kortlægning Genome-wide tilgængelige kromatin i primære humane T lymfocytter af ATAC-Seq

DOI:
10.3791/56313-v

•

09:08 min

•

November 13, 2017

•

, , , ,
1The Mina and Everard Goodman Faculty of Life Sciences,Bar-Ilan University

Chapters

  • 00:05Title
  • 00:54Purification of Naïve Human CD4+ Cells, Polarization to Th1 and TH2 Cells, and Nuclei Extraction
  • 03:18Transposition Reaction and Library Amplification
  • 04:33Size Selection of ATAC-seq Libraries
  • 06:48Results: Quality Control and Next Generation Sequencing Reads
  • 08:07Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Assay for Transposase-tilgængelige kromatin kombineret med høj overførselshastighed sekventering (ATAC-FF.) er en genome-wide metode til at afdække tilgængelige kromatin. Dette er en trinvis ATAC-seq-protokollen fra molekylære til den endelige beregningsmæssige analyse, optimeret til humane lymfocytter (Th1/Th2). Denne protokol kan vedtages af forskere uden forudgående erfaring i næste generations sekventering metoder.

Tags

ATAC-SeqChromatin AccessibilityGenome-wideRegulatory ElementsT LymphocytesEpigenomicsPrimary CellsTransposaseNuclei IsolationTh1Th2Cell Activation

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Genom-dækkende Bestemmelse af pattedyr Replication Timing ved DNA Content Measurement

Genom-bred kortlægning af protein-DNA-interaktioner med ChEC-seq in<em> Saccharomyces cerevisiae</em

Chromatin-immunpræcipitation (ChIP) i mus-T-cellelinier

Retroviral Scanning: Kortlægning af MLV Integration Sites til at definere Cell-specifikke Regulatory Regions

Bestemmelse af Genome-wide udskrift henfald priser i prolifererende og inaktiv humane fibroblaster

Generation af Genome-wide kromatin kropsbygning Capture biblioteker fra stramt iscenesatte tidlige Drosophila embryoner

Promotor Capture Hej-C: Høj opløsning, Genome-wide profilering af promotor interaktioner

CRISPR-medieret reorganisering af kromatin løkke struktur

Genom-dækkende overvågning af transskription fejl i Eukaryote organismer

ATAC-seq Assay med lav mitokondriel DNA forurening fra primære menneskelige CD4 + T-lymfocytter

Read Article