Vi presenterer protokoller for isolering av intestinal 3D strukturer fra i vivo vev og i vitro kjelleren matrix innebygd organoids, og detaljer forskjellige fiksering og Fargeprotokoller optimalisert for immuno-merking av microtubule, centrosomal og junctional proteiner også som celle indikatorer inkludert stamcelleforskningen protein Lgr5.