Vi presenterer en protokoll for å måle oksygenforbruk og ekstracellulære forsuring i Drosophila melanogaster larver og voksne hjerner. En metabolsk analysator benyttes med en tilpasset og optimert protokoll. Mikro-vev begrensninger ble er en kritisk komponent i denne protokollen utformet og laget spesielt for bruk i denne analysen.