Här presenterar vi ett protokoll för att snabbt isolera högkvalitativa kärnor från färska eller frysta vävnaden för nedströms massivt parallella RNA-sekvensering. Vi inkluderar rengöringsmedel-mekaniska och hypoton-mekaniska vävnad störningar och cell lysis alternativ, som båda kan användas för isolering av atomkärnor.