Vi presenterar ett genomet engineering arbetsflöde för generering av nya in vitro-modeller för HIV-1-infektion som recapitulate proviral integration på valda genomisk platser. Inriktning av HIV-derived reportrar underlättas av CRISPR-Cas9-medierad, platsspecifika genom manipulation. Detaljerade protokoll för encelliga klon generation, screening och rätt inriktning verifiering tillhandahålls.