Denne protokollen beskriver analyse av fluorescensmerkete merket intracellulære rom i spirende gjær ved hjelp av multi-farge 4D (time-lapse 3D) konfokalmikroskopi mikroskopi. Bilde parametrene er valgt for å fange opp tilstrekkelige signaler samtidig som de begrenser photoskade. Tilpasset ImageJ plugins tillate merket strukturer som skal spores og kvantitativt analysert.