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Eine Methode zur 3D-Rekonstruktion und Virtual Reality-Analyse von Glia- und Neuronalzellen
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A Method for 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis of Glial and Neuronal Cells
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Eine Methode zur 3D-Rekonstruktion und Virtual Reality-Analyse von Glia- und Neuronalzellen

DOI:
10.3791/59444-v

•

12:49 min

•

September 28, 2019

•

, , , , , ,
1Biological and Environmental Sciences and Engineering Division,King Abdullah University of Science and Technology, 2Visual Computing Center,King Abdullah University of Science and Technology

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:02Image Processing Using Fiji
  • 03:58Segmentation (Semi-Automated) and Reconstruction Using Ilastik 1.3.2
  • 07:433D Analysis
  • 09:41Results: 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis
  • 11:40Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Die beschriebene Pipeline ist für die Segmentierung von Elektronenmikroskopie-Datensätzen größer als Gigabyte konzipiert, um Ganzzellmorphologien zu extrahieren. Sobald die Zellen in 3D rekonstruiert sind, kann kundenspezifische Software, die auf individuelle Bedürfnisse zugeschnitten ist, verwendet werden, um eine qualitative und quantitative Analyse direkt in 3D durchzuführen, auch mit virtueller Realität, um Die Sichtokklusion zu überwinden.

Tags

3D ReconstructionVirtual Reality AnalysisGlial CellsNeuronal CellsAutomated Serial Section Electron MicroscopyImage ProcessingSegmentationTrakEM2Ilastik3D ModelingStructural ImpairmentsDiagnostic StrategyImage StitchingImage Downsampling

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