Den beskrivna pipelinen är utformad för segmentering av elektronmikroskopi-datauppsättningar som är större än gigabyte, för att extrahera hela cellmorfologier. När cellerna är rekonstruerade i 3D, anpassad programvara utformad kring individuella behov kan användas för att utföra en kvalitativ och kvantitativ analys direkt i 3D, även med hjälp av virtuell verklighet för att övervinna Visa ocklusion.