Her præsenterer vi en pipeline til 3D-korrelativfokuseret ionstrålefræsning til styring af forberedelsen af cellulære prøver til kryo-elektrontomografi. 3D-positionen af fluorescerende mærkede proteiner af interesse bestemmes først ved kryofluorescensmikroskopi og målrettes derefter til fræsning. Protokollen er velegnet til pattedyr, gær og bakterieceller.