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マイクロタンパク質同定と配列解析のための統合アプローチ
JoVE Journal
Biology
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JoVE Journal Biology
An Integrated Approach for Microprotein Identification and Sequence Analysis
DOI:

09:37 min

July 12, 2022

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Chapters

  • 00:04Introduction
  • 00:40Loading the Phylogenetic Codon Substitution Frequencies (PhyloCSF) Track Hub to the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser
  • 01:25Navigating to Genes of Interest Using Gene Identifiers
  • 02:20Navigating to Genomic Regions of Interest Using Sequence Information
  • 03:10Identifying Conserved Short Open Reading Frames (sORFs) Using PhyloCSF Track Data
  • 04:06Viewing Homologous Regions in Other Genomes
  • 04:51Generating Multi-Species Sequence Alignments for Microproteins of Interest
  • 06:47Results: Identification of Genomic Regions of Interest for Microprotein-Coding Potential
  • 08:47Conclusion

Summary

Automatic Translation

ここで説明するプロトコルは、ユーザーフレンドリーなUCSCゲノムブラウザ上のPhyloCSFを使用して、マイクロタンパク質コードの可能性について関心のあるゲノム領域を分析する方法に関する詳細な手順を提供します。さらに、同定されたマイクロタンパク質の配列特性をさらに調査し、推定機能に関する洞察を得るために、いくつかのツールとリソースが推奨されます。

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