Salmonella invaderer og replikerer inde i tarmepitelceller både i salmonellaspecifikke vakuoler og fri i cytosolen (hyperreplikation). En høj-gennemstrømning fluorescens mikroskopi-baseret protokol er beskrevet her for at kvantificere de intracellulære fænotyper af Salmonella ved to komplementære billedanalyser gennem ImageJ, der når enkeltcelleopløsning og scoring.