जीन डीएनए जीन अभिव्यक्ति की रूपरेखा में एक जीनोम चौड़ा स्तर पर शक्तिशाली उपकरण हैं. इस प्रौद्योगिकी विकास जीव विज्ञान और विष विज्ञान सहित जैविक विषयों की एक किस्म में आवेदन किया है. इस वीडियो में, हम वैश्विक जीन अभिव्यक्ति zebrafish के लिए एक व्यापक oligonucleotide माइक्रोएरे मंच का उपयोग विश्लेषण के लिए एक प्रोटोकॉल विस्तार.
Abstract
जीन माइक्रोएरे प्रौद्योगिकी एक जीनोम चौड़ा आधार पर मात्रात्मक और प्रतिलेख के स्तर के जीन अभिव्यक्ति की रूपरेखा माप परमिट. जीन माइक्रोएरे प्रौद्योगिकी विकास मंच के संबंध में वैश्विक जीन अभिव्यक्ति विश्लेषण एक रोग राज्य सहित आवेदनों की एक किस्म में कई जैविक विषयों में प्रयोग किया जाता है, और विषाक्त प्रतिक्रिया में. इस के साथ साथ, हम वैश्विक जीन अभिव्यक्ति एक व्यापक zebrafish विशिष्ट oligonucleotide माइक्रोएरे मंच का उपयोग विश्लेषण के प्रदर्शन में शामिल हैं. zebrafish अभिव्यक्ति माइक्रोएरे मंच 385.000 जांच, लंबाई में 60 आधार जोड़े, के साथ 37,157 लक्ष्य पूछताछ लक्ष्य प्रति 12 जांच करने के लिए शामिल हैं. इस मंच के लिए, सभी सीडीएनए और जीनोमिक zebrafish के लिए उपलब्ध जानकारी (http://www.ensembl.org) Ensembl, वेगा (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC सहित विभिन्न जीनोमिक डेटाबेस से एकत्र किया गया था ( http://genome.ucsc.edu), और ZFIN (http://www.zfin.org). एक परिणाम के रूप में इस अभिव्यक्ति सरणी वर्तमान zebrafish transcriptome की पूरी कवरेज प्रदान करता है. zebrafish अभिव्यक्ति माइक्रोएरे Roche NimbleGen (मैडिसन, WI) के द्वारा मुद्रित किया गया था. यह तकनीकी प्रदर्शन एक सीडीएनए उत्पाद के फ्लोरोसेंट लेबलिंग, लेबल सीडीएनए उत्पाद के माइक्रोएरे मंच करने के लिए संकरण, और संकेत अधिग्रहण के लिए एक रंग विश्लेषण रणनीति का उपयोग सरणी स्कैनिंग शामिल हैं.
Protocol
भाग 1: प्रतिदीप्त लेबल के सीडीएनए Cy3 माइक्रोएरे प्रयोग में इस्तेमाल किया डाई तस्वीर क्षरण करने के लिए संवेदनशील है. प्रक्रिया प्रकाश की एक न्यूनतम राशि में जगह ले जाना चाहिए. लेबलिंग BioPrime ऐरे CGH ?…
Discussion
यहाँ विस्तृत सहित कई माइक्रोएरे प्रोटोकॉल, मापने और बढ़ाता संकरण के एक साधन के के रूप में उपयोग फ्लोरोसेंट रंजक. Cy3 फ्लोरोसेंट रंजक फोटो और ओजोन क्षरण के प्रति संवेदनशील है. यह अनुशंसा की जाती है कि प्र?…
Peterson, S. M., Freeman, J. L. Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform. J. Vis. Exp. (30), e1471, doi:10.3791/1471 (2009).