Gene Expression גלובל ניתוח באמצעות פלטפורמה דג הזברה microarray oligonucleotide
Summary
Microarrays ג'ין הם כלים רבי עוצמה באפיון ביטוי גנים ברמת הגנום כולו. טכנולוגיה זו יישומים במגוון רחב של תחומים לרבות ביולוגי ביולוגיה התפתחותית הרעלים. בסרטון הזה, אנחנו פרט פרוטוקול ניתוח ביטוי גנטי גלובלי באמצעות פלטפורמה מקיפה microarray oligonucleotide על דג הזברה.
Abstract
ג'ין microarray הטכנולוגיה מאפשר מדידה כמותית וביטוי פרופיל גנטי של רמות תמליל על בסיס הגנום כולו. ג'ין microarray הטכנולוגיה משמשת בתחומים ביולוגיים רבים במגוון רחב של יישומים, כולל ניתוח ביטוי גנטי גלובלי ביחס שלב התפתחותי, למצב המחלה, בתגובות רעילים. בזאת, אנו כוללים הדגמה של ניתוח ביטוי גנטי גלובלי באמצעות microarray מקיף דג הזברה ספציפי פלטפורמה oligonucleotide. פלטפורמת microarray דג הזברה הביטוי מכיל 385,000 בדיקות, 60 זוגות בסיסים אורך, לחקור 37,157 יעדים עם עד 12 בדיקות לכל מטרה. עבור פלטפורמה זו, כל מידע ו cDNA גנומי זמין עבור דג הזברה נאסף מתוך מאגרי מידע גנומי שונים, כולל Ensembl (http://www.ensembl.org), וגה (http://vega.sanger.ac.uk), UCSC ( http://genome.ucsc.edu), ו ZFIN (http://www.zfin.org). כתוצאה מכך זה מערך ביטוי מספק כיסוי מלא של דג הזברה transcriptome הנוכחי. Microarray הביטוי דג הזברה הודפס על ידי רוש NimbleGen (מדיסון, ויסקונסין). זו הפגנה טכני כולל תיוג פלורסנט של מוצר cDNA, הכלאה של המוצר cDNA מסומן לפלטפורמת microarray, וסריקה מערך לרכישת אות אחת באמצעות ניתוח האסטרטגיה צבע.
Protocol
Discussion
פרוטוקולים microarray רבים, כולל אחד מפורט כאן, השתמש צבעי ניאון כאמצעי מדידה וכימות הכלאה. לצבוע Cy3 פלורסנט רגיש צילום השפלה האוזון. מומלץ כי הליך להתנהל תאורה מינימלית. בנוסף, חלקיקי אבק קטנים יכול להפריע הכלאה וסריקה. תשומת לב מיוחדת צריכה להינתן על מנת לוודא את אזור העב…
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Array Microcentrifuge Dryer | ISC Bioexpress | C-1303-T | ||
| BioPrime Array CGH Genomic Labeling System | Invitrogen | 18095-011 | ||
| Cyanine 3-dCTP | PerkinElmer | NEL576 | ||
| GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX 4000B | ||
| Microcon YM-30 | Millipore | 42411 | ||
| NimbleGen Array Processing Accessories | Roche NimbleGen | 5223539001 | ||
| NimbleGen Hybridization Kit | Roche NimbleGen | 5223474001 | ||
| NimbleGen Hybridization System 4 | Roche NimbleGen | 5223652001 | ||
| NimbleGen Wash Buffer Kit | Roche NimbleGen | 5223504001 | ||
| X1 Mixers | Roche NimbleGen | 5223725001 |
