تحليل التعبير الجيني العالمي باستخدام ميكروأري قليل النوكليوتيد منهاج اسماك الزرد
Summary
ميكروأرس الجينات هي أدوات قوية في التعبير الجيني التنميط على مستوى الجينوم واسعة. هذه التكنولوجيا وتطبيقها في مجموعة متنوعة من التخصصات بما في ذلك البيولوجيا التطورية البيولوجية والسمية. في هذا الفيديو ، ونحن بالتفصيل بروتوكولا لتحليل الجينات العالمية باستخدام تعبير ميكروأري قليل النوكليوتيد شاملة منصة لالزرد.
Abstract
تكنولوجيا الجينات ميكروأري تصاريح قياس الكمي والتنميط الجيني التعبير عن مستويات النص على أساس الجينوم واسعة. وتستخدم تكنولوجيا الجينات ميكروأري في تخصصات عديدة البيولوجية في مجموعة متنوعة من التطبيقات بما في ذلك تحليل الجينات التعبير العالمي فيما يتعلق المرحلة التنموية ، إلى حالة المرض ، وسامة في الاستجابات هنا ، ونحن وتشمل التظاهرة العالمية باستخدام تعبير الجين تحليل شامل ميكروأري قليل النوكليوتيد الزرد منصة محددة. وميكروأري التعبير الزرد منصة تحتوي على 385000 تحقيقات ، أزواج قاعدة 60 في الطول ، واستجواب 37157 الأهداف مع ما يصل الى 12 في تحقيقات الهدف. لهذه المنصة ، تم جمع كل المعلومات المتاحة [كدنا] والجينومية لالزرد من قواعد بيانات مختلفة بما في ذلك الجينومية Ensembl (http://www.ensembl.org) ، فيغا (http://vega.sanger.ac.uk) ، UCSC ( http://genome.ucsc.edu) ، وZFIN (http://www.zfin.org). نتيجة هذا الصفيف التعبير يوفر تغطية كاملة لtranscriptome الزرد الحالي. تم طباعة ميكروأري التعبير الزرد التي NimbleGen روش (ماديسون ، ويسكونسن). هذه التظاهرة الفنية تشمل العلامات الفلورية منتج [كدنا] ، التهجين من الناتج المسمى [كدنا] [ميكروأري إلى المنصة ، والمسح الضوئي لاقتناء مجموعة إشارة باستخدام تحليل اللون استراتيجية واحدة.
Protocol
Discussion
بروتوكولات [ميكروأري كثيرة ، منها واحدة مفصلة هنا ، واستخدام الأصباغ الفلورية كوسيلة للقياس الكمي والتهجين. صبغة الفلورسنت Cy3 حساس للصور وتدهور طبقة الأوزون. فمن المستحسن أن يجري الإجراء في الحد الأدنى من الإضاءة. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن للجزيئات الغبار الصغيرة تتدا…
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Array Microcentrifuge Dryer | ISC Bioexpress | C-1303-T | ||
| BioPrime Array CGH Genomic Labeling System | Invitrogen | 18095-011 | ||
| Cyanine 3-dCTP | PerkinElmer | NEL576 | ||
| GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX 4000B | ||
| Microcon YM-30 | Millipore | 42411 | ||
| NimbleGen Array Processing Accessories | Roche NimbleGen | 5223539001 | ||
| NimbleGen Hybridization Kit | Roche NimbleGen | 5223474001 | ||
| NimbleGen Hybridization System 4 | Roche NimbleGen | 5223652001 | ||
| NimbleGen Wash Buffer Kit | Roche NimbleGen | 5223504001 | ||
| X1 Mixers | Roche NimbleGen | 5223725001 |
