Глобальный анализ экспрессии генов Использование данио рерио Платформа Microarray олигонуклеотидов
Summary
Гена микрочипы являются мощными инструментами в генной экспрессии на профилирование генома уровне. Эта технология применения в различных биологических дисциплин, включая биологию развития и токсикологии. В этом видео мы подробно протокол для глобального анализа экспрессии генов с помощью комплексного платформы микрочипов олигонуклеотида для рыбок данио.
Abstract
Гена микрочипов технология позволяет количественное измерение и профилирования экспрессии генов стенограммы уровней генома основе. Гена микрочипов технология используется во многих биологических дисциплин в различных приложениях, включая глобальный анализ экспрессии генов в зависимости от стадии развития, на болезненное состояние, а в токсические свойства. При этом, мы включаем демонстрация глобального анализа экспрессии генов с помощью комплексного данио конкретных олигонуклеотидных микрочипов платформы. Микрочипов данио выражение платформа содержит 385000 зондов, 60 пар оснований в длину, допрос 37157 цели до 12 зондов в цель. Для этой платформе, все кДНК и геномной информации, доступной для рыбок данио была собрана из различных баз данных геномной в том числе Ensembl (http://www.ensembl.org), VEGA (http://vega.sanger.ac.uk), УСК ( http://genome.ucsc.edu), а ZFIN (http://www.zfin.org). В результате этого выражения массив обеспечивает полное покрытие текущих транскриптома рыбок данио. Микрочипов данио выражение было напечатано Рош NimbleGen (Мэдисон, Висконсин). Эта техническая демонстрация включает флуоресцентные маркировки кДНК продукт, гибридизации меченой кДНК продукта на платформу микрочипов, а также массив сканирования для получения сигнала использованием одного цвета анализ стратегии.
Protocol
Discussion
Многие протоколы микрочипов, в том числе один подробную здесь, использовать флуоресцентные красители, как средства измерения и количественной гибридизации. Cy3 флуоресцентного красителя чувствителен к фото и озона деградации. Рекомендуется, чтобы процедура проводится в минимальном о?…
Materials
| Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Array Microcentrifuge Dryer | ISC Bioexpress | C-1303-T | ||
| BioPrime Array CGH Genomic Labeling System | Invitrogen | 18095-011 | ||
| Cyanine 3-dCTP | PerkinElmer | NEL576 | ||
| GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX 4000B | ||
| Microcon YM-30 | Millipore | 42411 | ||
| NimbleGen Array Processing Accessories | Roche NimbleGen | 5223539001 | ||
| NimbleGen Hybridization Kit | Roche NimbleGen | 5223474001 | ||
| NimbleGen Hybridization System 4 | Roche NimbleGen | 5223652001 | ||
| NimbleGen Wash Buffer Kit | Roche NimbleGen | 5223504001 | ||
| X1 Mixers | Roche NimbleGen | 5223725001 |
